Sottoprocesso non riesce a catturare lo standard output

Question

Sto cercando di generare albero con file di input fasta e allineamento con MuscleCommandline

import sys,os, subprocess
from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(input="c:\Python26\opuntia.fasta")
child= subprocess.Popen(str(cline),
                         stdout = subprocess.PIPE,
                         stderr=subprocess.PIPE,
                        shell=(sys.platform!="win32"))
align=AlignIO.read(child.stdout,"fasta")
outfile=open('c:\Python26\opuntia.phy','w')
AlignIO.write([align],outfile,'phylip')
outfile.close()

Ho sempre incontro con questi problemi

Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 244, in run_nodebug
  File "C:\Python26\muscleIO.py", line 11, in <module>
    align=AlignIO.read(child.stdout,"fasta")
  File "C:\Python26\Lib\site-packages\Bio\AlignIO\__init__.py", line 423, in read
    raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

Answer 1

Biopython 1.54 è stato rilasciato oggi con una versione stabile del modulo Bio.Phylo. Ho aggiornato la documentazione con un esempio gasdotto per gli alberi di generazione. Per semplicità, l'esempio utilizza ClustalW a sequenze di allineamento e generare un albero, invece di muscolo e Phylip, ma la maggior parte del codice è ancora lo stesso o simile.

http://biopython.org/wiki/Phylo#Example_pipeline

Se hai già generato un albero con Phylip (utilizzando l'allineamento .phy come input), è ancora possibile seguire gli esempi Phylo in generale. Phylip crea un file Newick con un nome come "outttree" o "foo.tree".

(sentitevi liberi di fondersi questo con la risposta di Brad;. Non riesco a scrivere un commento in quel filo ancora)

Answer 2

Un paio di cose stanno dando problemi qui:

1. Hai bisogno di una child.wait () dopo la chiamata sottoprocesso in modo che il codice verrà attendere che il programma esterno è fatto in esecuzione.

2. muscolare in realtà non scrivere sullo standard output, anche se la documentazione di aiuto dice lo fa, per lo meno con v3.6 che ho qui. Credo che l'ultima è v3.8 quindi questo potrebbe essere risolto.

Biopython è che indica che lo stdout si sta passando è vuota, che è l'errore che state vedendo. Provare a eseguire direttamente la riga di comando:

muscle -in opuntia.fasta

e vedere se si vede l'uscita FASTA. Ecco una versione che risolve il problema di attesa e gli usi un file di output intermedio:

import sys,os, subprocess
from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
out_file = "opuntia.aln"
cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta", out=out_file)
child= subprocess.Popen(str(cline),
                         stdout = subprocess.PIPE,
                         stderr=subprocess.PIPE,
                        shell=(sys.platform!="win32"))
child.wait()
with open(out_file) as align_handle:
    align=AlignIO.read(align_handle,"fasta")
outfile=open('opuntia.phy','w')
AlignIO.write([align],outfile,'phylip')
outfile.close()
os.remove(out_file)

Answer 3

Dalla documentazione del subproccess biblioteca :

  

Attenzione

     

Usa comunicare () piuttosto che   .stdin.write, .stdout.read o   .stderr.read al fine di evitare situazioni di stallo a causa di   qualsiasi degli altri buffer OS tubi   riempiendo e bloccando il bambino   processo.

in modo forse si potrebbe provare qualcosa di simile:

mydata = child.communicate()[0]

Answer 4

Si dispone di un backslash non protetto nel nome del file di output, che non è mai buona.

Usa 'r' per ottenere le stringhe prime, vale a dire r'c:\Python26\opuntia.phy'.