Welche Art von Forschung kann mit Genomdaten durchgeführt werden?

Question

Es ist bekannt, dass uns die Wissenschaft große Mengen frei zugänglicher Daten zur Verfügung gestellt hat, wie z http://www.1000genomes.org Und http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank.Wie können wir mit den Daten experimentieren und Data Science/maschinelles Lernen darauf anwenden?Was könnten einige Ideen sein?

Meine eigenen Ideen:

• Visualisierung biologischer Daten
• Genvorhersage mithilfe des Hidden-Markov-Modells

Mehr?

Answer 1

• Bestimmung der Funktion von Genen und der Elemente, die Gene regulieren im gesamten Genom.
• Finden Sie Variationen in der DNA-Sequenz zwischen Menschen und bestimmen Sie ihre Bedeutung.Die häufigste Art der genetischen Variation wird als Einzelnukleotid-Polymorphismus oder SNP (ausgesprochen "snip").Diese Kleine Unterschiede können helfen, das Risiko einer Person für bestimmte Krankheiten und das Ansprechen auf bestimmte Medikamente.
• Entdecken Sie die 3-dimensionalen Strukturen von Proteinen und identifizieren Sie deren Funktionen.
• Erforschen Sie, wie DNA und Proteine miteinander und mit dem Umgebung, um komplexe lebende Systeme zu schaffen.
• genombasierte Strategien zur Früherkennung zu entwickeln und anzuwenden, Diagnose und Behandlung von Krankheiten.
• Sequenzieren Sie die Genome anderer Organismen wie Ratte, Kuh und Schimpansen, um ähnliche Gene zwischen den Arten zu vergleichen.
• Entwicklung neuer Technologien zur Untersuchung von Genen und DNA in großem Maßstab und Genomische Daten effizient zu speichern.
• Untersuchen Sie weiterhin die ethischen, rechtlichen und sozialen Fragen, die durch Genomforschung.
• Quelle

Answer 2

Sie können Modelle erstellen, um Genome nach Bevölkerung zu klassifizieren. Laufen Sie unbeaufsichtigtes Lernen (Clustering), um festzustellen, ob Populationen im Modell rekonstruiert werden. Bauen Sie Modelle auf, um fehlende Genotypen zu schließen

Um eine skalierbare DNA -Analyse durchzuführen, können Sie überprüfen Adam Software basierend auf Apache Spark