write.table schreibt unerwünschte leere Spalte Kopf führt, wenn rownames hat

Question

lesen Sie in diesem Beispiel:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

die Tabelle richtig angezeigt wird. Es gibt zwei verschiedene Möglichkeiten, um es Datei zu schreiben ...

write.csv(a, 'a.csv'), die wie erwartet gibt:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

und write.table(a, 'a.txt'), die Schrauben nach oben

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

in der Tat, ein leeres Tab fehlt .... das ist ein Schmerz in den Hintern für Downstream-Dinge ist. Ist das ein Bug oder ein Feature? Gibt es eine Abhilfe? (Außer write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

Cheers, yannick

Answer 1

Unter Berufung auf ?write.table, Abschnitt CSV-Dateien :

  

Standardmäßig gibt es keine Spaltennamen für   eine Spalte von Zeilennamen. Wenn col.names = NA und row.names = TRUE ein leeres   Spaltenname hinzugefügt wird, das ist die   Konvention verwendet für CSV-Dateien zu sein   Lesen von Tabellen.

So müssen Sie tun

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

und Sie bekommen

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 2

Eine leichte Modifikation zu @Marek sehr hilfreiche Antwort wird einen Header an den rownames Spalte hinzufügen. Vorübergehend die rownames als erste Spalte in der data.frame hinzufügen und schreiben, dass die wirklichen rownames ignorieren

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

und Sie bekommen

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 3

Für alle in der Arbeits tidyverse (dplyr, etc.), die von der Funktion rownames_to_column() tibble Paket kann auf einfache Weise verwendet werden, konvertieren row.names auf eine Spalte, zum Beispiel:

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

In Kombination mit der Option row.names=FALSE in write.table() Ergebnissen in der Ausgabe mit Header-Namen für alle Spalten.

Answer 4

Für diejenigen, die das gleiche Problem auftreten, wenn eine Matrix mit write.table() Speichern und wollen die row.names Spalt zu halten, gibt es tatsächlich eine äußerst einfache Lösung:

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

Dadurch, dass Sie im Grunde sind tricksen die write.table Funktion in ein Header-Label für die row.names Säule zu schaffen. Die resultierende CSV-Datei würde wie folgt aussehen:

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6 

Answer 5

I überarbeitet, um eine einfache Funktion von @mnel, die Flexibilität Verbindungen unter Verwendung ergänzt. Hier ist die Funktion:

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

Sie können die Funktion angeben sein 'write.table', 'write.csv', 'write.delim' etc.

Cheers!