Mit R zu öffnen grib Dateien

Question

Ich bin mit R mit meteorologischen Daten an der Arbeit. Ich gehe in zwei Schritten:

1. convert grib zu netcdf die Befehlszeilenfunktion ncl_convert2nc von NCAR Kommandosprache mit
2. verwenden Paket ncdf in R die netcdf Daten zu importieren.

ich noch ein Problem haben:

2- Für einige besondere grib Dateien, funktioniert die Konvertierung mit NCAR-Tool nicht. Gibt es andere Möglichkeiten, oder Trick (außer Transkription in netcdf) auf Lese grib Dateien in R ?

Problem von Dirk Beantwortet: 1- Ich mag die automatische Behandlung von vielen Dateien innerhalb R. Can I Call ncl_convert2nc in R tun? (Beantwortet von Dirk Eddelbuettel unten)

Answer 1

Zu Frage 1 lautet die Antwort 'Ja' - vgl. help(system) und die internal=TRUE Option, wenn Sie Capture Ergebnisse

Answer 2

rgdal kann es auch tun, aber weniger flexibel ist und mehr Sorgfalt und Detail als ncdf oder RNetCDF erfordert - und ist abhängig von Ihrer GDAL / rgdal einschließlich dem GRIB-Treiber gebaut.

Answer 3

ncl_convert2nc scheint die beste Lösung zu sein. Wenn jedoch die Struktur der Daten etwas ist etwas komplizierter ich GrADS zu konvertieren GRIB-Datei in ASCII (zB CSV) und dann ist es möglich, NetCDF-Datei mit ncdf4 Paket gewidmet für R. GrADS auch unterstützt Wieder- erstellen GRIB zu NetCDF zu schreiben, aber es gibt Beschränkung auf nur 1 Variable.

Answer 4

Eine andere Lösung ist es, die wgrib / wgrib2 Software ( http: / /www.cpc.ncep.noaa.gov/products/wesley/wgrib2/ ) und Dump Ihre GRIB-1 / GRIB-2-Datei direkt in der CSV-Format, zum Beispiel:

/path/to/your/wgrib2 input_file.grb -csv output_file.csv

Dann kann es direkt in R gelesen werden ...

Answer 5

Eine weitere schnelle und einfache Kommandozeilen-Lösung ist CDO zu verwenden, um die Konvertierung zu tun:

cdo -f nc copy file.grb file.nc

Wenn Sie eine netcdf4 Datei ausgeben möchten Sie angeben "-f nc4".