Weird-Pointer Problem in C ++

Question

Ich laufe in ein sehr frustrierenden Zeiger Problem. Ich geschrieben zuvor hier: TOUGH: Der Umgang mit tief verschachtelten Zeigern in C ++

Aber das Post bekam zu lange und ist abgestanden, so wähle ich mit mehr Details umbuchen.

Hier ist meine Header-Datei, die meine Typen definiert:

#include <string>
#include <vector>
#include <sstream>
#include <iostream>

#define USE_3D_GEOM
//#define USE_2D GEOM

#define DEBUG

#ifdef USE_3D_GEOM
 #define DIMENSIONS 3
#elif USE_2D_GEOM
 #define DIMENSIONS 2
#else
 #define DIMENSIONS 1
#endif

#ifndef _COMMON_H
#define _COMMON_H

template<class T>
inline T from_string(const std::string& s)
{
     std::istringstream stream (s);
     T t;
     stream >> t;
     return t;
};

template <class T>
inline std::string to_string (const T& t)
{
std::stringstream ss;
ss << t;
return ss.str();
}

enum e_ensemble_kind 
{
  MICROCANONICAL,
  CANONICAL,
  NVT,
  GRAND_CANONICAL,
  NPT,
  NVE
};

enum e_potential_kind 
{
  HARD_SPHERE,
  SQUARE_WELL,
  LENNARD_JONES
};

enum e_file_types
{
  MC_SIMPLE,
  NAMD,
  GROMACS,
  CHARMM
};

#ifdef USE_3D_GEOM
typedef struct s_coordinates t_coordinates;
#endif

#ifdef USE_2D_GEOM
typedef struct s_coordinates t_coordinates;
#endif

typedef struct s_particle t_particle;

typedef struct s_bond t_bond;

typedef struct s_angle t_angle;


typedef struct s_dihedral t_dihedral;

typedef struct s_molecule t_molecule;

typedef struct s_lj_param t_lj_param;

typedef struct s_bond_param t_bond_param;

typedef struct s_angle_param t_angle_param;

typedef struct s_dih_param t_dih_param;

typedef struct s_lookup_tab t_lookup_tab;

#ifdef USE_3D_GEOM
struct s_coordinates
{
  double x;
  double y;
  double z;

  s_coordinates& operator+(const s_coordinates &to_add)
  {
    x += to_add.x;
    y += to_add.y;
    z += to_add.z;
    return *this;
  }
  s_coordinates& operator-(const s_coordinates &to_subtract)
  {
    x -= to_subtract.x;
    y -= to_subtract.y;
    z -= to_subtract.z;
    return *this;
  }
  s_coordinates& operator=(const s_coordinates &to_assign)
  {
    x = to_assign.x;
    y = to_assign.y;
    z = to_assign.z;
    return *this;
  }
  bool operator==(const s_coordinates &to_assign)
  {

    return x == to_assign.x && y == to_assign.y && z == to_assign.z;
  }
};
#endif

#ifdef USE_2D_GEOM
struct s_coordinates
{
  double x;
  double y;

  s_coordinates& operator+(const s_coordinates &to_add)
  {
    x += to_add.x;
    y += to_add.y;
    return *this;
  }
  s_coordinates& operator-(const s_coordinates &to_subtract)
  {
    x -= to_subtract.x;
    y -= to_subtract.y;
    return *this;
  }
  s_coordinates& operator=(const s_coordinates &to_assign)
  {
    x = to_assign.x;
    y = to_assign.y;
    return *this;
  }
  bool operator==(const s_coordinates &to_assign)
  {

    return x == to_assign.x && y == to_assign.y;
  }
};
#endif

typedef struct s_particle
{
  t_coordinates position;
  double charge;
  double mass;
  std::string name;
  std::vector<t_lj_param>::iterator my_particle_kind_iter;

  s_particle& operator=(const s_particle &to_assign)
  {
    position = to_assign.position;
    charge = to_assign.charge;
    mass = to_assign.mass;
    name = to_assign.name;
    my_particle_kind_iter = to_assign.my_particle_kind_iter;
    return *this;
  }
} t_particle;

struct s_bond
{
  t_particle * particle_1;
  t_particle * particle_2;
  std::vector<t_bond_param>::iterator my_bond_kind_iter;

  s_bond& operator=(const s_bond &to_assign)
  {
    particle_1 = to_assign.particle_1;
    particle_2 = to_assign.particle_2;
    my_bond_kind_iter = to_assign.my_bond_kind_iter;
    return *this;
  }
};

struct s_angle
{
  t_particle * particle_1;
  t_particle * particle_2;
  t_particle * particle_3;
  std::vector<t_angle_param>::iterator my_angle_kind_iter;

  s_angle& operator=(const s_angle &to_assign)
  {
    particle_1 = to_assign.particle_1;
    particle_2 = to_assign.particle_2;
    particle_3 = to_assign.particle_3;
    my_angle_kind_iter = to_assign.my_angle_kind_iter;
    return *this;
  }
};


struct s_dihedral
{
  t_particle * particle_1;
  t_particle * particle_2;
  t_particle * particle_3;
  t_particle * particle_4;
  std::vector<t_dih_param>::iterator my_dih_kind_iter;

  s_dihedral& operator=(const s_dihedral &to_assign)
  {
    particle_1 = to_assign.particle_1;
    particle_2 = to_assign.particle_2;
    particle_3 = to_assign.particle_3;
    particle_4 = to_assign.particle_4;
    my_dih_kind_iter = to_assign.my_dih_kind_iter;
    return *this;
  }
};

struct s_molecule
{
  std::string res_name;
  std::vector<t_particle> my_particles;
  std::vector<t_bond> my_bonds;
  std::vector<t_angle> my_angles;
  std::vector<t_dihedral> my_dihedrals;

  s_molecule& operator=(const s_molecule &to_assign)
  {
    res_name = to_assign.res_name;
    my_particles = to_assign.my_particles;
    my_bonds = to_assign.my_bonds;
    my_angles = to_assign.my_angles;
    my_dihedrals = to_assign.my_dihedrals;
    return *this;
  }
};

struct s_lj_param
{
  double epsilon;
  double sigma;
  std::string atom_kind_name;
};

struct s_bond_param
{
  std::string atom_1;
  std::string atom_2;
  double bond_coeff;
  double default_length;
};

struct s_angle_param
{
  std::string atom_1;
  std::string atom_2; 
  std::string atom_3;
  double angle_coeff;
  double default_angle;
};

struct s_dih_param
{
  std::string atom_1;
  std::string atom_2; 
  std::string atom_3; 
  std::string atom_4;  
  std::vector<double> dih_coeff;
  std::vector<unsigned int> n;
  std::vector<double> delta;
};

struct s_lookup_tab {
  std::string name;
  int code;
};

#endif /*_COMMON_H*/

Und hier ist ein Anruf, dass ich eine var vom Typ t_molecule hinzuzufügen mache (siehe oben Header für t_molecule Definition) auf eine Anordnung von Molekülen.

    void Molecule_Manager_Main::add_molecule(const t_molecule new_molecule)
{
    std::cout << "TYPE :" << new_molecule.res_name << std::endl; 
    std::cout << "3: BOND PARTICLE 1 : "
      << new_molecule.my_bonds[new_molecule.my_bonds.size()-1].particle_1->name
          << std::endl;  
    std::cout << "3: BOND PARTICLE 2 : "
    << new_molecule.my_bonds[new_molecule.my_bonds.size()-1].particle_2->name
          << std::endl; 
    std::cout << "3: BOND ITER CONST : "
    << new_molecule.my_bonds[new_molecule.my_bonds.size()-1].my_bond_kind_iter->bond_coeff
          << " "
    << new_molecule.my_bonds[new_molecule.my_bonds.size()-1].my_bond_kind_iter->default_length
          << std::endl;
    my_molecules.push_back(new_molecule);
    std::cout << "99: INDEX : " << my_molecules.size()-1 << std::endl;
    std::cout << "TYPE :" << my_molecules[my_molecules.size()-1].res_name << std::endl; 
    std::cout << "4: BOND PARTICLE 1 : "
          << my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds[my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds.size()-1].particle_1->name
          << std::endl;  
    std::cout << "4: BOND PARTICLE 2 : "
    << my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds[my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds.size()-1].particle_2->name
          << std::endl; 
    std::cout << "4: BOND ITER CONST : "
    << my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds[my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds.size()-1].my_bond_kind_iter->bond_coeff
          << " "
    << my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds[my_molecules[my_molecules.size()-1].my_bonds.size()-1].my_bond_kind_iter->default_length
          << std::endl;
  add_performed = true;
}

Das funktioniert perfekt ... die Resname String druckt, und die Informationen auf der letzten Bindung in den Anleihen Vektor druckt. Dann, wenn ich habe alle meine Moleküle hinzugefügt. Ich nenne das:

t_molecule * Molecule_Manager_Main::get_molecule(unsigned int index)
{
    std::cout << "TYPE :" << my_molecules[index].res_name << std::endl; 
    std::cout << "5: BOND PARTICLE 1 : "
      << my_molecules[index].my_bonds[my_molecules[index].my_bonds.size()-1].particle_1->name
          << std::endl;  
    std::cout << "5: BOND PARTICLE 2 : "
    << my_molecules[index].my_bonds[my_molecules[index].my_bonds.size()-1].particle_2->name
          << std::endl; 
    std::cout << "5: BOND ITER CONST : "
    << my_molecules[index].my_bonds[my_molecules[index].my_bonds.size()-1].my_bond_kind_iter->bond_coeff
          << " "
    << my_molecules[index].my_bonds[my_molecules[index].my_bonds.size()-1].my_bond_kind_iter->default_length
          << std::endl;
  return &(my_molecules[index]);
} 

Diese segfaults auf die Anleihen Linie.

kann ich von den Indizes sagen, dass ich in dem Add Schritt drucken, dass ich nicht die Moleküle überschreiben ich auf den Vektor schieben (die Größe wächst) ..

Mit anderen Worten, was der Fall zu sein scheint, ist: Lesen Untervektor (Werke) -> fügen Sie einige weitere Objekte in Stammvektor -> reread Untervektor (seg-Störungen)

Diese Funktionen sind das einzige Mittel für Moleküle Vars zu dem Vektor hinzugefügt werden, und Moleküle Vars werden nur hinzugefügt, einmal und nicht posthum in meinem aktuellen Test geändert.

Alle Ideen ???? Vielen Dank im Voraus !!

Answer 1

Lesen Sie einfach, dass Sie einen varaible zugreifen genannt my_bond_kind_iter. Nachdem Sie einige weitere Elemente im Ausgangsvektor hinzufügen, wird es die Größe neu. Dieses Mittel (unter der Annahme, dass Sie nicht über C ++ 0x rvalue-aware Container), dass das Kind Vektor wird auch kopiert werden, alle vorhandenen Zeiger und Referenzen in sie ungültig zu machen. Also, wenn Sie versuchen, diese alte Iterator zugreifen, die jetzt gründlich ungültig ist, hallo Segmentierungsfehler. Dies wird natürlich auch passieren, wenn Sie mehr in das Kind Vektor hinzuzufügen.

Vector Iteratoren sind nicht sicher, können Sie sie nicht halten können um und Zugang zu einem späteren Zeitpunkt, da Vektoren, die Bewegungsmittel Speicher Größe ändern, und dies geschieht, an der Laune der Umsetzung.

Answer 2

In den verschiedenen Objekten Sie speichern Iteratoren die Elemente in einigen Vektoren zuzugreifen. Diese Iteratoren erhalten für ungültig erklärt, wenn der zugrunde liegenden Vektor modifiziert wird, beispielsweise durch neue Elemente hinzufügen. Dereferencing so einen Iterator ist nicht definiertes Verhalten.

Wahrscheinlich ändern Sie die Vektoren für die Sie Iteratoren haben gespeichert, wenn Sie neue Moleküle hinzuzufügen und mit diesen Iteratoren später führt zu den Zugriffsfehler.

Answer 3

Ich würde Sie, ich würde diesen Code stark Refactoring.

Die meiste Zeit, wenn ich ein Problem wie das Ihre zu bekommen (und es ist immer sehr selten) Ich Refactoring den Code, bis ich das Problem offenbar zu sehen. Hier gibt es zu viele Wiederholungen, die eindeutig vermieden werden können. Verwenden Sie typedefs, Referenzen, consts Um Wiederholungen zu vermeiden.

Refactoring können Sie Ihren Code und Ihre Gedanken neu zu ordnen, vereinfachen, machen Probleme offensichtlich. Nehmen Sie sich Zeit, dies zu tun, und Sie werden die Quelle des Problems finden.

Das dieses Codes aus sein könnte.

(etwa Refactoring, empfehle ich das Lesen dieses: http://sourcemaking.com/refactoring )

Answer 4

Ich werde empfehlen Index-Operator zu vermeiden (Seite ab. My_molecules [index]) während Trace-Code zu schreiben (aber nicht einschränkend zu Trace-Code), lieber an () Member-Funktion.