Desde el Base64Coder Docs, la firma del constructor es
Base64Encoder (BufferedTransformation *attachment=NULL, bool insertLineBreaks=true, int maxLineLength=72)
Por lo tanto, obtienes descansos de línea de forma predeterminada en tu cadena codificada. Para evitar esto, solo haz:
CryptoPP::StringSource ss(
in,
true,
new CryptoPP::Base64Encoder(
new CryptoPP::StringSink(encoded),
false
)
);