De Base64Encoder Docs, a assinatura do construtor é
Base64Encoder (BufferedTransformation *attachment=NULL, bool insertLineBreaks=true, int maxLineLength=72)
Então você obtém quebras de linha por padrão na sua sequência codificada. Para evitar isso, basta fazer:
CryptoPP::StringSource ss(
in,
true,
new CryptoPP::Base64Encoder(
new CryptoPP::StringSink(encoded),
false
)
);