Valores de colorizar/resaltar de la salida R ftable () en Rapports Knitr/Sweave

Question

Estoy generando mucho ftable() Crosstabulaciones para un informe descriptivo. Ejemplo:

              AUS  BEL  BUL  EST  FRA  GEO  GER  HUN  ITA  NET  NOR  ROM  RUS

30- primary    0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02
    secondary  0.30 0.09 0.16 0.10 0.10 0.14 0.10 0.16 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 
    tertiary   0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.02 0.09
30+ primary    0.07 0.16 0.12 0.07 0.16 0.03 0.05 0.11 0.35 0.21 0.09 0.17 0.03
    secondary  0.40 0.20 0.30 0.29 0.25 0.35 0.35 0.34 0.27 0.20 0.27 0.34 0.26
    tertiary   0.13 0.23 0.13 0.18 0.17 0.17 0.18 0.09 0.09 0.23 0.23 0.06 0.24
60+ primary    0.00 0.12 0.10 0.13 0.14 0.07 0.05 0.12 0.09 0.11 0.06 0.19 0.12
    secondary  0.00 0.05 0.05 0.08 0.06 0.10 0.14 0.09 0.02 0.04 0.11 0.07 0.06
    tertiary   0.00 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.07 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07

Estoy buscando una función que pueda tomar el ftable() o table() salida y valores de resaltación que se desvían de la fila media, o asignan un gradiente general al texto de los valores, por ejemplo, de 0-100% los valores están coloreados de rojo a verde.

La salida ahora se procesa a través de knitr, pero no estoy seguro en qué punto en la cadena de herramientas podría intervenir y agregar color en función del tamaño relativo de los valores.

Answer 1

Puedes usar el latex función, en el Hmisc paquete.

# Example shamelessly copied from http://www.karlin.mff.cuni.cz/~kulich/vyuka/Rdoc/harrell-R-latex.pdf
cat('
  \\documentclass{article}
  \\usepackage[table]{xcolor}
  \\begin{document}
  <<results=tex>>=
  library(Hmisc)
  d <- head(iris)
  cellTex <- matrix(rep("", nrow(d) * ncol(d)), nrow=nrow(d))
  cellTex[2,2] <- "cellcolor{red}"
  cellTex[2,3] <- "color{red}"
  cellTex[5,1] <- "rowcolor{yellow}"
  latex(d, file = "", cellTexCmds = cellTex, rowname=NULL)
  @
  \\end{document}',
  file="tmp.Rnw" )
Sweave("tmp.Rnw")
library(utils)
texi2pdf("tmp.tex")

Answer 2

Para generar tablas de látex a partir de objetos R, puede usar el xtable paquete. Está Disponible en Cran, eche un vistazo a la documentación. Para obtener el color en la mesa, use el color Paquete de látex. Algún código de ejemplo:

library(xtable)
n = 100
cat_country = c("NL","BE","HU")
cat_prim = c("primary","secondary","tertiary")
dat = data.frame(country = sample(cat_country, n, replace = TRUE), 
                 prim = sample(cat_prim, n, replace = TRUE))
ftable_dat = ftable(dat)

## Make latex table:
latex_table = xtable(as.table(ftable_dat))

Para obtener lo que quieres, hice el siguiente hack (feo). El truco es imprimir el objeto XTable y editar ese:

latex_table = within(latex_table, {
#   browser()
  primary = ifelse(primary > 12, sprintf("\\textbf{%s}", primary), primary)
  #primary = sub("\\{", "{", primary)
})
printed_table = print(latex_table)
printed_table = sub("backslash", "\\", printed_table)
printed_table = sub("\\\\}", "}", printed_table)
printed_table = sub("\\\\\\{", "{", printed_table)
printed_table = sub("\\$", "\\", printed_table)
printed_table = sub("\\$", "\\", printed_table)
cat(printed_table)

Lo que lleva a:

% latex table generated in R 2.14.1 by xtable 1.6-0 package
% Thu Feb 16 13:10:55 2012
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrrr}
  \hline
 & primary & secondary & tertiary \\ 
  \hline
BE & 10 &   5 &  11 \\ 
  HU & \textbf{13} &  13 &   8 \\ 
  NL & 11 &  17 &  12 \\ 
   \hline

end {tabular} end {Center} end {table}

Este ejemplo hace un número en la categoría primaria en negrita, pero puede funcionar para la colorización con la misma facilidad. ¿Quizás alguien más tiene una solución más elegante?