/ Valori di luce di R ftable () uscita Colorazione in knitr / Sweave rapports

Question

sto generando un sacco di tavole di contingenza ftable() per una relazione descrittiva. Esempio:

              AUS  BEL  BUL  EST  FRA  GEO  GER  HUN  ITA  NET  NOR  ROM  RUS

30- primary    0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02
    secondary  0.30 0.09 0.16 0.10 0.10 0.14 0.10 0.16 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 
    tertiary   0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.02 0.09
30+ primary    0.07 0.16 0.12 0.07 0.16 0.03 0.05 0.11 0.35 0.21 0.09 0.17 0.03
    secondary  0.40 0.20 0.30 0.29 0.25 0.35 0.35 0.34 0.27 0.20 0.27 0.34 0.26
    tertiary   0.13 0.23 0.13 0.18 0.17 0.17 0.18 0.09 0.09 0.23 0.23 0.06 0.24
60+ primary    0.00 0.12 0.10 0.13 0.14 0.07 0.05 0.12 0.09 0.11 0.06 0.19 0.12
    secondary  0.00 0.05 0.05 0.08 0.06 0.10 0.14 0.09 0.02 0.04 0.11 0.07 0.06
    tertiary   0.00 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.07 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07

Cerco una funzione che potrebbe assumere i valori Highligh ftable() o uscita table(), e che si discostano dalla fila-media, o assegnare un gradiente generale al testo dei valori, ad esempio da 0-100% i valori sono di colore da rosso a verde.

L'uscita è ora elaborata attraverso knitr , ma non sono sicuro in quale punto la toolchain I potrebbe intervenire e aggiungere colore in base alla dimensione relativa dei valori.

Answer 1

È possibile utilizzare la funzione latex, nel pacchetto Hmisc.

# Example shamelessly copied from http://www.karlin.mff.cuni.cz/~kulich/vyuka/Rdoc/harrell-R-latex.pdf
cat('
  \\documentclass{article}
  \\usepackage[table]{xcolor}
  \\begin{document}
  <<results=tex>>=
  library(Hmisc)
  d <- head(iris)
  cellTex <- matrix(rep("", nrow(d) * ncol(d)), nrow=nrow(d))
  cellTex[2,2] <- "cellcolor{red}"
  cellTex[2,3] <- "color{red}"
  cellTex[5,1] <- "rowcolor{yellow}"
  latex(d, file = "", cellTexCmds = cellTex, rowname=NULL)
  @
  \\end{document}',
  file="tmp.Rnw" )
Sweave("tmp.Rnw")
library(utils)
texi2pdf("tmp.tex")

Answer 2

Per generare lattice tavoli da oggetti R, è possibile utilizzare il pacchetto xtable. E ' accessibile CRAN , date un'occhiata alla documentazione. Per ottenere il colore nella tabella, utilizzare il pacchetto di lattice color. Qualche esempio di codice:

library(xtable)
n = 100
cat_country = c("NL","BE","HU")
cat_prim = c("primary","secondary","tertiary")
dat = data.frame(country = sample(cat_country, n, replace = TRUE), 
                 prim = sample(cat_prim, n, replace = TRUE))
ftable_dat = ftable(dat)

## Make latex table:
latex_table = xtable(as.table(ftable_dat))

Per ottenere quello che vuoi ho fatto la seguente mod (brutto). Il trucco è quello di stampare l'oggetto XTABLE e poi di modifica che:

latex_table = within(latex_table, {
#   browser()
  primary = ifelse(primary > 12, sprintf("\\textbf{%s}", primary), primary)
  #primary = sub("\\{", "{", primary)
})
printed_table = print(latex_table)
printed_table = sub("backslash", "\\", printed_table)
printed_table = sub("\\\\}", "}", printed_table)
printed_table = sub("\\\\\\{", "{", printed_table)
printed_table = sub("\\$", "\\", printed_table)
printed_table = sub("\\$", "\\", printed_table)
cat(printed_table)

che porta a:

% latex table generated in R 2.14.1 by xtable 1.6-0 package
% Thu Feb 16 13:10:55 2012
\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rrrr}
  \hline
 & primary & secondary & tertiary \\ 
  \hline
BE & 10 &   5 &  11 \\ 
  HU & \textbf{13} &  13 &   8 \\ 
  NL & 11 &  17 &  12 \\ 
   \hline

\ end {tabular} \ End {center} \ End {table}

Questo esempio fa un numero nella categoria primaria audace, ma si può lavorare per la colorazione con la stessa facilità. Forse qualcun altro ha una soluzione più elegante?