La instalación de todos los paquetes CRAN que no están ya instalados?

Question

Los siguientes comandos R instalarán todos los paquetes CRAN:

availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)

Y el siguiente comando mostrará una lista de todos los paquetes instalados:

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

Mi pregunta es: ¿Cómo instruir R para instalar todos los paquetes CRAN que no están ya instalados

?

Answer 1

Francamente, creo que es laborioso trabajo ... que iba a durar varios días, incluso semanas (dependiendo de los recursos), pero aquí está el código (que disfruto haciendo cosas triviales):

# get names of installed packages
packs <- installed.packages()
exc <- names(packs[,'Package'])

# get available package names
av <- names(available.packages()[,1])

# create loooong string
ins <- av[!av %in% exc]
install.packages(ins)

Todavía no entiendo por qué estás haciendo esto, pero, bueno ... algunas cosas simplemente no están destinados a ser .... Lo que más me se pregunta es el hecho de que ya haya respondido a su propia pregunta! Ya tienes lo que necesita, y es sólo depende de usted para poner las cosas juntos ... Nos estamos perdiendo el punto? ¿Tuvo algo más en mente?!?

Answer 2

1) ¿Por qué querrías hacer eso? Hay más de 3500 (como de 2012 FEB) de ellos?

2) ¿Lo ves en CRAN Tarea Vistas y la CTV paquete que le permite instalar paquetes de una determinada tarea?

3) Usted negrita pregunta es una consulta de indexación simple que se puede hacer a mano (y además de eso, también ver help(sets))

R> available <- LETTERS                  # a simple set
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)]  # a simple subset
R> available[ ! available %in% installed ]
[1] "K" "L" "M" "N"
R> 

Editar: en respuesta a su seguimiento:

a) Si un paquete no pasa 'R CMD cheque' en Linux y Windows, que no consigue subido a CRAN. Así que el trabajo está hecho.

b) Conseguir todo depende a su final es demasiado trabajo como se verá. Lo hicimos por cran2deb que se encuentra en http://debian.cran.r-project.org (que hace edificio en toda regla paquete Debian que es algo más que la instalación). Obtenemos en 2050, más de 2150 paquetes construidos. Hay algunos que se niegan a construir debido a la licencia, unos pocos no puede debido a que faltan o cabeceras libs y unos pocos no podemos construir, ya que, por ejemplo, es necesario BioConductor paquetes.

Answer 3

escriba este comando y luego todos los paquetes se instalarán automáticamente:

install.packages(available.packages()[,1])

Answer 4

He probado esto y funciona

availablePackages=available.packages()
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1])
installedPackages=.packages(all.available = TRUE)
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages)
for (i in 1:length(missedPackages))
{
pkgName <- missedPackages[i]
install.packages(pkgName)
}
print("END")

Regards

Answer 5

Es mejor si se utiliza:

    check.and.install.Package<-function(package_name){
        if(!package_name%in%installed.packages()){
           install.packages(package_name)
        }
     }

llamar a la función y comprobar si se ha instalado el paquete requerido:

    check.and.install.Package("pkgName")