Instalando todos os pacotes de cran que ainda não estão instalados?

Question

Os seguintes comandos R instalarão todos os pacotes CRAN:

availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)

E o comando a seguir listará todos os pacotes instalados:

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

Minha pergunta é: Como faço para instruir R a instalar todos os pacotes de cran que ainda não estão instalados?

Answer 1

Francamente, acho que é um trabalho meticuloso ... duraria dias, até semanas (dependendo dos recursos), mas aqui está o código (eu gosto de fazer coisas triviais):

# get names of installed packages
packs <- installed.packages()
exc <- names(packs[,'Package'])

# get available package names
av <- names(available.packages()[,1])

# create loooong string
ins <- av[!av %in% exc]
install.packages(ins)

Ainda não entendi por que você está fazendo isso, mas, ei ... algumas coisas simplesmente não devem ser ... o que mais me deixa me faz o fato de você já ter respondido sua própria pergunta! Você conseguiu o que precisava, e cabe a você montar as coisas ... estamos perdendo o ponto? Você tinha algo mais em mente?!?

Answer 2

1) Por que você gostaria de fazer isso? Há mais de 3500 (em fevereiro de 2012) deles?

2) Você olhou para Visualizações de tarefas do cran e a CTV Pacote que permite instalar pacotes de uma determinada tarefa?

3) Sua pergunta ousada é uma consulta de indexação simples que você pode fazer manualmente (e além disso, também veja help(sets))

R> available <- LETTERS                  # a simple set
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)]  # a simple subset
R> available[ ! available %in% installed ]
[1] "K" "L" "M" "N"
R> 

Editar: Em resposta ao seu acompanhamento:

a) Se um pacote não passar 'r cmd check' no Linux e Windows, ele não será carregado para Cran. Então esse trabalho é feito.

b) Obter tudo depende do seu fim também é o trabalho, como você verá. Fizemos isso para Cran2deb, que está em http://debian.cran.r-project.org (que faz edifícios de pacotes Debian completos, que são mais do que apenas instalar). Obtemos cerca de 2050 dos 2150 pacotes construídos. Existem alguns que nos recusamos a construir por causa da licença, alguns que não podemos por causa de cabeçalhos ou LIBs ausentes e alguns que não podemos construir porque precisam, por exemplo, pacotes de biocondutores.

Answer 3

Digite este comando e, em seguida, todos os pacotes serão instalados automaticamente:

install.packages(available.packages()[,1])

Answer 4

Eu testei isso e funciona

availablePackages=available.packages()
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1])
installedPackages=.packages(all.available = TRUE)
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages)
for (i in 1:length(missedPackages))
{
pkgName <- missedPackages[i]
install.packages(pkgName)
}
print("END")

Cumprimentos

Answer 5

Melhor se você usar:

    check.and.install.Package<-function(package_name){
        if(!package_name%in%installed.packages()){
           install.packages(package_name)
        }
     }

Ligue para a função e verifique se o pacote necessário estiver instalado:

    check.and.install.Package("pkgName")