Aplicar rápidamente xts operaciones vectoriales través amplia zoo objetos en R
Pregunta
Esto es realmente una extensión de mi ayer donde aprendí sobre apply.weekly
. Esto funciona muy bien, pero yo quiero hacer esto más objetos zoo
ancho. Si uso apply.weekly
en una amplia zoo
que resume las columnas, a continuación, realiza la agregación semanal:
> library(xts)
> set.seed(2001)
> zoo.daily <- zoo(data.frame(a=rnorm(20), b=rnorm(20), c=rnorm(20)), order.by=as.Date("2001-05-25") + 0:19)
> apply.weekly(zoo.daily, sum)
2001-05-27 2001-06-03 2001-06-10 2001-06-13
1.091999 -3.017688 3.842305 2.045370
> apply.weekly(zoo.daily[, 1] + zoo.daily[, 2] + zoo.daily[, 3], sum)
2001-05-27 2001-06-03 2001-06-10 2001-06-13
1.091999 -3.017688 3.842305 2.045370
He intentado la familia apply
de los operadores, pero los que parece que se deben eliminar del índice de fechas zoo
. Puedo hacerlo en un bucle for
, pero en realidad es mucho tiempo (mucho, mucho más que un factor de cuatro más lenta que la función de la periodicidad aggregate
as.yearmon
). Aquí está el bucle for
:
week.ends <- index(zoo.daily[endpoints(zoo.daily, "weeks")[-1], ])
num.weeks <- nweeks(zoo.daily)
num.stocks <- ncol(zoo.daily)
zoo.weeks <- zoo(matrix(NA, num.weeks, num.stocks), order.by=week.ends)
for (i in seq(num.stocks)) {
zoo.weeks[, i] <- apply.weekly(zoo.daily[, i], mean)
}
que funciona (es decir, mantiene cada vector separado):
2001-05-27 -0.36663040 -0.108648725 0.8392788
2001-06-03 0.33032998 0.003025018 -0.7644534
2001-06-10 0.07816992 0.620198931 -0.1494681
2001-06-13 0.02114608 0.956226189 -0.2955824
¿Hay una manera de operar rápidamente en todas las columnas con apply.weekly
? Gracias!
ACTUALIZACIÓN: Joshua Ulrich señala que necesito una función de uso de la columna (como colMeans
o colSums
). Cuando hago esto, me da las respuestas correctas, sino como una matriz transpuesta. ¿Debo reclasificar y seguir adelante? O tengo una opción / incorrecto establecer?
> apply.weekly(zoo.daily, colSums)
[,1] [,2] [,3] [,4]
a -1.0998912 2.31230989 0.5471894 0.06343824
b -0.3259462 0.02117512 4.3413925 2.86867857
c 2.5178365 -5.35117351 -1.0462765 -0.88674717
Solución
Se necesita usar una función de columna-conscientes en apply.weekly
. Por ejemplo, el uso colSums
en lugar de sum
o colMeans
en lugar de mean
.
Las más recientes revisiones de xts
en R-forge dar la salida a continuación. La versión actualmente en CRAN devuelve los datos transpuestos.
# install.packages("xts", repos="http://r-forge.r-project.org")
> apply.weekly(zoo.daily, colSums)
a b c
2001-05-27 -1.09989120 -0.32594617 2.5178365
2001-06-03 2.31230989 0.02117512 -5.3511735
2001-06-10 0.54718941 4.34139252 -1.0462765
2001-06-13 0.06343824 2.86867857 -0.8867472
> apply.weekly(zoo.daily, colMeans)
a b c
2001-05-27 -0.36663040 -0.108648725 0.8392788
2001-06-03 0.33032998 0.003025018 -0.7644534
2001-06-10 0.07816992 0.620198931 -0.1494681
2001-06-13 0.02114608 0.956226189 -0.2955824
Si es necesario utilizar una función personalizada, se puede utilizar una combinación de apply.weekly
y apply
:
> apply.weekly(zoo.daily, function(x) apply(x,2,mean))
a b c
2001-05-27 -0.36663040 -0.108648725 0.8392788
2001-06-03 0.33032998 0.003025018 -0.7644534
2001-06-10 0.07816992 0.620198931 -0.1494681
2001-06-13 0.02114608 0.956226189 -0.2955824