write.table écrit indésirables conduisant à la colonne vide-tête quand a rownames

Question

vérifier cet exemple:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

le tableau affiche correctement. Il y a deux façons différentes d'écrire fichier ...

write.csv(a, 'a.csv') qui donne comme prévu:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

et write.table(a, 'a.txt') qui se visse vers le haut

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

En effet, un onglet vide manque .... qui est une douleur dans le cul pour des choses en aval. Est-ce un bug ou une fonctionnalité? Y at-il un travail autour? (Autre que write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

Cordialement, Yannick

Answer 1

Invoquant ?write.table, section fichiers CSV :

  

Par défaut, il n'y a pas de nom de colonne pour   une colonne de noms de ligne. Si col.names = NA et row.names = TRUE un blanc   nom de colonne est ajouté, qui est la   convention pour les fichiers CSV être   lu par des feuilles de calcul.

Vous devez donc faire

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

et vous obtenez

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 2

Une légère modification @Marek très utile réponse ajouterez un en-tête à la colonne rownames:. Ajouter temporairement les rownames comme la première colonne du data.frame et écrire que, en ignorant les vrais rownames

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

et vous obtenez

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 3

Pour tous ceux qui travaillent dans le tidyverse (dplyr, etc.), la fonction rownames_to_column() de la paquet de Tibble peut être utilisé pour convertir facilement row.names à une colonne, par exemple:

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

En combinant ceci avec l'option row.names=FALSE dans les résultats de write.table() en sortie avec des noms d'en-tête pour toutes les colonnes.

Answer 4

Pour ceux qui connaissent le même problème lors de l'enregistrement d'une matrice avec write.table() et veulent garder la colonne row.names, il est en fait une solution extrêmement simple:

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

En faisant cela vous duper essentiellement la fonction write.table dans la création d'une étiquette d'en-tête pour la colonne row.names. Le fichier .csv obtenu ressemblerait à ceci:

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6 

Answer 5

Je révisais une simple fonction de @mnel, ce qui ajoute de la flexibilité en utilisant des connexions. Voici la fonction:

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

Vous pouvez spécifier la fonction d'être 'write.table', 'write.csv', 'write.delim' etc.

Vive!