Python et Rpy2: Appel fonction de la parcelle avec des options qui ont en eux « »

Question

Je viens juste de commencer à apprendre à utiliser rpy2 avec python. Je suis en mesure de faire des parcelles simples et tel, mais j'ai rencontré le problème que beaucoup d'options dans l'utilisation de R « ». Par exemple, voici un appel R qui fonctionne:

  

barplot (t, col = heat.colors (2), names.arg = c ( "pwn", "pwn2"))

où t est une matrice.

Je veux utiliser le même appel en python, mais il rejette le « » une partie de names.arg. Je crois comprendre que en python vous remplacez le « » avec « _ », donc names_arg par exemple, mais cela ne fonctionne pas non plus. Je sais que c'est un problème fondamental, donc j'espère que quelqu'un a vu cela et sait le correctif. Merci!

Answer 1

Vous pouvez utiliser un dictionnaire ici pour les arguments nommés ( en utilisant ** ) comme décrit dans les documents, et d'appeler directement R pour les fonctions. Rappelez-vous aussi que RPy2 attend son propre vecteur objets . Oui, il est un peu maladroit, mais sur le côté positif, vous devriez être en mesure de faire quoi que ce soit à rpy2 que vous pourriez faire en R.

from rpy2 import robjects
color = robjects.r("heat.colors")()
names = robjects.StrVector(("pwn", "pwn2"))
robjects.r.barplot(t, col=color, **{"names.arg":names})

(Notez que ceci est pour la version 2.0.x rpy2, il y a quelques changements dans la unreleased 2.1 que je ne l'ai pas eu la chance de regarder encore.)

Answer 2

Je ne sais pas si Rpy acceptera cela, mais vous pouvez avoir des paramètres de mots clés avec des périodes en eux. Vous devez les passer à travers un dictionnaire bien. Comme ceci:

>>> def f(**kwds): print kwds
... 
>>> f(a=5, b_c=6)
{'a': 5, 'b_c': 6}
>>> f(a=5, b.c=6)
Traceback (  File "<interactive input>", line 1
SyntaxError: keyword cant be an expression (<interactive input>, line 1)
>>> f(**{'a': 5, 'b.c': 6})
{'a': 5, 'b.c': 6}

Answer 3

Avec rpy2-2.1.0, une façon d'écrire serait:

from rpy2.robjects.packages import importr
graphics = importr("graphics")
grdevices = importr("grDevices")

graphics.barplot_default(t, 
                         col = grdevices.heat_colors(2),
                         names_arg = StrVector(("pwn", "pwn2")))

Le fait de devoir utiliser barplot_default (plutôt que barplot) est due à la utilisation intensive des points de suspension « ... » dans les signatures et R'sfunction au fait que sauver la traduction du nom paramètre nécessiterait l'analyse du code d'une fonction R contient.

En savoir plus, et un exemple d'une fonction pour effectuer la traduction systématique de « » à « _ » est à: http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc- 2.1 / html / robjects.html # fonctions