Python y Rpy2: Llamar a la función parcela con opciones que tienen en ellos “”

Question

Me estoy empezando a aprender a utilizar rpy2 con Python. Soy capaz de hacer gráficos simples y tal, pero me he encontrado con el problema de que muchas opciones en el uso de R "". Por ejemplo, aquí hay una llamada R que las obras:

  

barplot (t, col = heat.colors (2), names.arg = c ( "NMP", "pwn2"))

donde t es una matriz.

Quiero usar la misma llamada en Python, pero rechaza el "" parte de names.arg. Mi entendimiento es que en Python que sustituya el "" por "_", por lo names_arg por ejemplo, pero que no está funcionando bien. Sé que esto es un problema sencillo, así que espero que alguien ha visto esto y conoce la solución. Gracias!

Answer 1

Puede utilizar un diccionario aquí por los argumentos con nombre ( usando ** ) como describe en la documentación, y llamada R directamente para las funciones. Asimismo, recuerda que RPy2 espera que su propio vector objetos . Sí, es un poco incómodo, pero en el lado positivo, que debe ser capaz de hacer cualquier cosa en rpy2 que podría hacer en I.

from rpy2 import robjects
color = robjects.r("heat.colors")()
names = robjects.StrVector(("pwn", "pwn2"))
robjects.r.barplot(t, col=color, **{"names.arg":names})

(Tenga en cuenta que esto es para la versión 2.0.x rpy2, hay algunos cambios en el inéditas 2.1 que no he tenido la oportunidad de mirar todavía.)

Answer 2

No sé si RPY aceptará esto, pero se puede tener parámetros de palabras clave con períodos en los mismos. Usted tiene que pasar a través de un embargo diccionario. De esta manera:

>>> def f(**kwds): print kwds
... 
>>> f(a=5, b_c=6)
{'a': 5, 'b_c': 6}
>>> f(a=5, b.c=6)
Traceback (  File "<interactive input>", line 1
SyntaxError: keyword cant be an expression (<interactive input>, line 1)
>>> f(**{'a': 5, 'b.c': 6})
{'a': 5, 'b.c': 6}

Answer 3

Con rpy2-2.1.0, una forma de escribir que sería:

from rpy2.robjects.packages import importr
graphics = importr("graphics")
grdevices = importr("grDevices")

graphics.barplot_default(t, 
                         col = grdevices.heat_colors(2),
                         names_arg = StrVector(("pwn", "pwn2")))

tener que usar barplot_default (en lugar de que barplot) se debe a la un amplio uso de los puntos suspensivos '...' en las firmas y R'sfunction al hecho de que el nombre del parámetro Guardar traducción requeriría análisis del código R una función contiene.

Más, y un ejemplo de una función para realizar la traducción sistemática de ''. a '_' se encuentra en: http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc- 2,1 / html / robjects.html # funciones