Devi rimuovere vector<string> fullSequence, sequenceNames;
nel vuoto Sequence::fastaRead
funzione. Quando si definiscono quelle variabili all'interno di quella funzione e le usi, non si accede a quelle della classe che hanno lo stesso nome, stai accedendo alle variabili locali che hai definito in quella funzione, a meno che non le prendino this->
durante l'accesso.
Le variabili nella classe sono effettivamente vuote e si ottiene un errore di segmentazione.