Non credo che tu debba modificare Ember per questo. La soluzione semplice è prima dei carichi dell'applicazione Ember è possibile eseguire il seguente codice.
var url = window.location.toString();
if(url.split('#!').length==1) {
if(url.split('#').length==2) {
window.location = url.split('#')[0]+'#!' + url.split('#')[1];
}
}
Fondamentalmente quello che fa è riscrivere l'URL a #!.
AGGIORNARE: Altrimenti un altro modo è scrivere sopra il codice in Ember Initializzar.
Ecco il jsbin http://emberjs.jsbin.com/alireto/1#post