Problemi di reticolo: oggetti reticolari provenienti da JAGS, ma non è possibile impostare il dispositivo

Question

Ho eseguito JAGS con runjags in R e ho riportato indietro un elenco gigante (risultati nominati per questo esempio).

Ogni volta che accedo a risultati $ densità , due dispositivi reticoli (uno per ogni parametro) vengono visualizzati nel dispositivo al quarzo predefinito.

Devo combinarli con par (mfrow = c (2, 1)) o con un approccio simile, e inviarli al dispositivo pdf .

Nulla di ciò che ho provato sta funzionando. Qualche idea?

Ho provato dev.print , pdf () con dev.off () , ecc. senza fortuna.

Answer 1

Ecco un modo per abbandonare " V1 " pannelli manipolando la struttura a traliccio:

p1 <- results$density$c
p2 <- results$density$m

p1$layout <- c(1,1)
p1$index.cond[[1]] <- 1   # remove second index
p1$condlevels[[1]] <- "c"   # remove "V1"
class(p1) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"

p2$layout <- c(1,1)
p2$index.cond[[1]] <- 1   # remove second index
p2$condlevels[[1]] <- "m"   # remove "V1"
class(p2) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"

library(grid)
layout <- grid.layout(2, 1, heights=unit(c(1, 1), c("null", "null")))
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=layout))
pushViewport(viewport(layout.pos.row=1))
print(p1, newpage=FALSE)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.row=2))
print(p2, newpage=FALSE)
popViewport()
popViewport()

risultato vaso di c.trellis () http://img142.imageshack.us /img142/3272/ctrellisa.png

Answer 2

Il modo più semplice per combinare i grafici è usare i risultati memorizzati nei risultati $ mcmc:

# prepare data, see source code of "run.jags"
thinned.mcmc <- combine.mcmc(list(results$mcmc),
                             collapse.chains=FALSE,
                             return.samples=1000)
print(densityplot(thinned.mcmc[,c(1,2)], layout=c(1,2),
                  ylab="Density", xlab="Value"))

Answer 3

Ad esempio, per l'esempio incluso da run.jags , controlla la struttura dell'elenco usando

sink("results_str.txt")
str(results$density)
sink()

Quindi vedrai i componenti chiamati layout . Il layout per i due grafici di ciascuna variabile può essere impostato usando

results$density$m$layout <- c(1,2)
print(results$density$m)

I grafici per diversi parametri possono essere combinati usando il metodo c.trellis dal pacchetto latticeExtra .

class(results$density$m) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"
class(results$density$c) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"
library("latticeExtra")
update(c(results$density$m, results$density$c), layout=c(2,2))

output di c.trellis http://img88.imageshack.us/img88/ 6481 / ctrellis.png

Un altro approccio consiste nell'utilizzare le finestre grid :

library("grid")
results$density$m$layout <- c(2,1)
results$density$c$layout <- c(2,1)
class(results$density$m) <- "trellis"
class(results$density$c) <- "trellis"
layout <- grid.layout(2, 1, heights=unit(c(1, 1), c("null", "null")))
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=layout))
pushViewport(viewport(layout.pos.row=1))
print(results$density$m, newpage=FALSE)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.row=2))
print(results$density$c, newpage=FALSE)
popViewport()
popViewport()

output della griglia http://img88.imageshack.us/img88/5967/grida .png