RPY2: Importr fallisce con .renviron

Question

Ecco cosa dovrebbe e accade usando rpy2.robjects.packages.importr per i pacchetti R di base (ad es. stats):

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> importr('stats')
<rpy2.robjects.packages.SignatureTranslatedPackage object at 0x7f3810>

Ma con un pacchetto esterno (ad es. ggplot2) questo è il risultato:

>>> importr('ggplot2')
Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called 'ggplot2'
Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.0/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 100, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list

Una complicazione è che nella mia home directory ho il file .Renviron Definisci la posizione della mia libreria utente (dove, ad esempio, ggplot2 i libs sono) e non ho problemi con nessuno dei comandi R library() o require() usando R e Rscript. Il percorso assomiglia a questo:

R_LIBS_USER="/path/to/my/packages"

Quindi la mia domanda è perché il mio percorso di biblioteca utente è escluso dall'elenco di ricerca " Rpy2 usi? O, piuttosto, come posso dirigere Rpy2 per guardare nel R_LIBS_USER anche un percorso?

Presumo che il problema derivi dall'ambiente Rpy2 usi, ma la mia ignoranza è alta in questo senso.

R: 2.13.0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (Mac, 10.6, 64-bit)

replicato con

Rpy2: 2.1.8, 2.2.1 (dev)

Uso regolarmente R, Ggplot2 e Python, quindi ogni intuizione è molto benvenuta.

Answer 1

Per impostazione predefinita, RPY2 sta iniziando in modalità "vaniglia" e questo ignora R_LIBS e amici.

>>> import rpy2.rinterface 
>>> rpy2.rinterface.get_initoptions()
('rpy2', '--quiet', '--vanilla', '--no-save')
>>> 

È possibile utilizzare 'Rinterface.set_initoptions ()' per modificarli.

Per esempio:

import rpy2.rinterface as ri
ri.set_initoptions(('rpy2', '--verbose', '--no-save'))
ri.initr()

# from now on, just import the rest of rpy2 modules without thinking of the above.