rpy2：incortrは.renvironで失敗します

Question

これが使用されるべきであり、使用するべきことは次のとおりです rpy2.robjects.packages.importr ベースRパッケージの場合（例： stats):

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> importr('stats')
<rpy2.robjects.packages.SignatureTranslatedPackage object at 0x7f3810>

ただし、外部パッケージで（例： ggplot2）これが結果です：

>>> importr('ggplot2')
Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called 'ggplot2'
Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.0/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 100, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list

複雑なのは、私のホームディレクトリにファイルがあることです .Renviron ユーザーライブラリの場所を定義します（たとえば、場合、 ggplot2 libsは）、そして私はどちらのr-commandsに問題がありません library() また require() 使用 R と Rscript. 。パスは次のようになります：

R_LIBS_USER="/path/to/my/packages"

だから私の質問は、なぜ私のユーザーライブラリパスが「検索リスト」から除外されたのかということです Rpy2 使用しますか？または、むしろ、どのように指示するのですか Rpy2 を見る R_LIBS_USER パスも？

問題は環境に由来すると思います Rpy2 使用しますが、その点で私の無知は高くなっています。

R: 2.13.0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (Mac, 10.6, 64-bit)

で複製

Rpy2: 2.1.8, 2.2.1 (dev)

R、GGPlot2、およびPythonを定期的に使用しているため、洞察は大歓迎です。

Answer 1

デフォルトでは、RPY2は「Vanilla」モードで初期化されており、R_LibsやFriendsは無視されます。

>>> import rpy2.rinterface 
>>> rpy2.rinterface.get_initoptions()
('rpy2', '--quiet', '--vanilla', '--no-save')
>>> 

「rinterface.set_initoptions（）」を使用してそれらを変更できます。

例えば：

import rpy2.rinterface as ri
ri.set_initoptions(('rpy2', '--verbose', '--no-save'))
ri.initr()

# from now on, just import the rest of rpy2 modules without thinking of the above.