Python e Rpy2: Chiamare funzione plot con le opzioni che hanno in loro “”

Question

Sto solo cominciando a imparare a utilizzare rpy2 con Python. Sono in grado di fare trame semplici e simili, ma ho incontrato il problema che molte opzioni in uso R "". Ad esempio, ecco una chiamata R che funziona:

  

barplot (t, col = heat.colors (2), names.arg = c ( "pwn", "pwn2"))

dove t è una matrice.

Voglio usare la stessa chiamata in python, ma respinge il "" parte di names.arg. La mia comprensione è che in python si sostituisce il "" con "_", così names_arg per esempio, ma che non funziona neanche. So che questo è un problema di base quindi spero che qualcuno ha visto questo e conosce la correzione. Grazie!

Answer 1

È possibile utilizzare un dizionario qui per gli argomenti con nome ( utilizzando ** ) come descritto nella documentazione, e chiamare direttamente R per le funzioni. Ricorda inoltre che RPy2 aspetta che la sua oggetti propria vettoriale . Sì, è un po 'imbarazzante, ma il lato positivo, si dovrebbe essere in grado di fare nulla in rpy2 si potrebbe fare in R.

from rpy2 import robjects
color = robjects.r("heat.colors")()
names = robjects.StrVector(("pwn", "pwn2"))
robjects.r.barplot(t, col=color, **{"names.arg":names})

(Si noti che questo è per la versione 2.0.x rpy2, ci sono alcuni cambiamenti nel inedito 2.1 che non ho avuto la possibilità di guardare ancora.)

Answer 2

Non so se RPY accetterà questo, ma si può avere parametri di parole chiave con periodi in loro. Devi passare loro attraverso un dizionario però. In questo modo:

>>> def f(**kwds): print kwds
... 
>>> f(a=5, b_c=6)
{'a': 5, 'b_c': 6}
>>> f(a=5, b.c=6)
Traceback (  File "<interactive input>", line 1
SyntaxError: keyword cant be an expression (<interactive input>, line 1)
>>> f(**{'a': 5, 'b.c': 6})
{'a': 5, 'b.c': 6}

Answer 3

Con rpy2-2.1.0, un modo per scrivere sarebbe:

from rpy2.robjects.packages import importr
graphics = importr("graphics")
grdevices = importr("grDevices")

graphics.barplot_default(t, 
                         col = grdevices.heat_colors(2),
                         names_arg = StrVector(("pwn", "pwn2")))

Dovendo utilizzare barplot_default (piuttosto che barplot) è dovuta alla ampio uso di puntini di sospensione del '...' nelle firme R'sfunction e al fatto che salvare traduzione nome del parametro richiederebbe analisi del codice R una funzione contiene.

Più, e un esempio di una funzione per eseguire la conversione sistematica di '' a '_' e ': http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc- 2.1 / HTML / robjects.html # funzioni