전문가 R 사용자, .rprofile에 무엇이 있습니까? [닫은

Question

나는 항상 언어에 대해 유용하고 유익한 다른 사람들의 스타트 업 프로필 파일을 발견했습니다. 또한, 나는 어떤 사용자 정의가 있지만 세게 때리다 그리고 정력, 나는 R에 대한 것이 없다

예를 들어, 내가 항상 원했던 한 가지는 Window 터미널의 입력 및 출력 텍스트에 대한 다른 색상 및 구문 강조 표시입니다.

Answer 1

여기 내 것이 있습니다. 색칠에 도움이되지는 않지만 ESS와 EMACS로부터 그것을 얻습니다 ...

options("width"=160)                # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3)            # show sub-second time stamps

r <- getOption("repos")             # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
        function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8, 
                                             xpos=0, pointsize=10, 
                                             #type="nbcairo"))  # Cairo device
                                             #type="cairo"))    # other Cairo dev
                                             type="xlib"))      # old default

## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)


options("pdfviewer"="okular")         # on Linux, use okular as the pdf viewer

Answer 2

나는 전체 단어 '머리', '요약', '이름'을 매번 입력하는 것을 싫어하므로 별명을 사용합니다.

.rprofile 파일에 별명을 넣을 수 있지만 함수의 전체 경로를 사용해야합니다 (예 : Utils :: Head) 그렇지 않으면 작동하지 않습니다.

# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names

편집 : 질문에 답하기 위해 색상 터미널에 다른 색상을 갖도록 패키지. 시원한! :-)

Answer 3

options(stringsAsFactors=FALSE)

실제로 .rprofile에 그것을 가지고 있지는 않지만 공동 저자의 코드를 깨뜨릴 수 있기 때문에 기본값이 되었으면합니다. 왜요?

1) 문자 벡터는 메모리를 적게 사용하지만 (간신히) 사용합니다.

2) 더 중요한 것은 다음과 같은 문제를 피할 수 있다는 것입니다.

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"

그리고

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
  invalid factor level, NAs generated

요소는 필요할 때 (예 : 그래프로 순서 구현) 대부분의 시간이 적습니다.

Answer 4

여기 내 것입니다. 나는 항상 기본 CRAN 저장소를 사용하고 있으며, 개발 중 패키지 코드를 쉽게 공급할 수 있도록 코드가 있습니다.

.First <- function() {
    library(graphics)
    options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
    options("device" = "quartz")
}

packages <- list(
  "describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
  "linval" = "~/ggobi/linval", 

  "ggplot2" =  "~/documents/ggplot/ggplot",
  "qtpaint" =  "~/documents/cranvas/qtpaint", 
  "tourr" =    "~/documents/tour/tourr", 
  "tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui", 
  "prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)

l <- function(pkg) {
  pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
  if (is.null(packages[[pkg]])) {
    path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
  } else {
    path <- packages[pkg]
  }

  source(file.path(path, "load.r"))  
}

test <- function(path) {
  path <- deparse(substitute(path))
  source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))  
}

Answer 5

나는 내 명령 기록을 저장하고 r을 실행할 때마다 사용할 수있게하는 것을 좋아합니다.

쉘 또는 .bashrc에서 :

export R_HISTFILE=~/.Rhistory

.rprofile에서 :

.Last <- function() {
        if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
                require(utils)
                try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
        }
}

Answer 6

다음은 Windows 작업에 편리한 두 가지 기능입니다.

첫 번째는 \s to /.

.repath <- function() {
   cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
   x <- scan(what = "")
   xa <- gsub('\\\\', '/', x)
   writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
   cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
 }

두 번째는 새로운 탐색기 창에서 작업 디렉토리를 열어줍니다.

getw <- function() {
    suppressWarnings(shell(paste("explorer",  gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}

Answer 7

나는 이것, 전체 터미널 너비를 사용하는 더 역동적 인 트릭을 가지고 있으며, 이는 열 환경 변수 (Linux에서)에서 읽으려고합니다.

tryCatch(
  {options(
      width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
  error = function(err) {
    write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
           .bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
           stderr());
    options(width=120)}
)

이 방식으로 R은 터미널 창 크기를 조정하더라도 전체 너비를 사용합니다.

Answer 8

내 개인 기능과로드 된 라이브러리의 대부분은 rfunctions.r 스크립트에 있습니다.

source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")


.First <- function(){
   cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")

  }

  .Last <- function(){
   cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")

  }


#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
  install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)

options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)

library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")

plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')

Answer 9

여기 내 것입니다 ~/.rprofile, Mac 및 Linux 용으로 설계되었습니다.

이로 인해 오류가 쉽게 볼 수 있습니다.

options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)

나는 크랜 메뉴 선택을 싫어하므로 좋은 것으로 설정하십시오.

options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))

더 많은 역사!

Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')

다음은 터미널에서 MAC OSX에서 실행하는 것입니다 (R.App이 더 안정적이기 때문에 R.App보다 크게 선호하고 디렉토리별로 작업을 구성 할 수 있습니다. 또한 좋은 점을 얻으십시오. ~/.inputrc). 기본적으로 X11 디스플레이가 표시됩니다. 대신 GUI와 동일한 석영 디스플레이를 제공합니다. 그만큼 if Mac의 터미널에서 r을 실행할 때 성명서를 작성해야합니다.

f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
  # http://www.rforge.net/CarbonEL/
  library("grDevices")
  library("CarbonEL")
  options(device='quartz')
  Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)

그리고 몇 개의 라이브러리를 사전로드하고

library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
  source("~/util.r")
}

어디 util.r 내가 사용하는 임의의 물건 가방입니다.

또한 다른 사람들이 콘솔 너비를 언급하고 있었기 때문에 여기에 내가하는 방법이 있습니다.

if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
  numcol = as.integer(numcol)
  options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
  # mac specific?  probably bad in the R GUI too.
  numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
  if (numcol > 0)
    options(width=  numcol - 1 )
}
rm(numcol)

이것은 실제로 없습니다 .Rprofile 터미널 창을 크기를 조정할 때마다 다시 실행해야하기 때문입니다. 나는 그것을 가지고있다 util.r 그런 다음 필요한대로 소스를 소체합니다.

Answer 10

여기 내 것이 있습니다 :

.First <- function () {
  options(device="quartz")
}

.Last <- function () {
  if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
    require(utils)
    try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
  }
}

# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
  if (class(a) != "character")
    return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
  else
    return (as.Date(a))
}

# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)

# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")

# Search RPATH for file <fn>.  If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
     paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
                switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
  for(d in paths)
     if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
        return(f)
  return(NULL)
}

# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
  Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}

# Load commonly used functions
if (interactive())
  source(search.path("afazio.r"))

# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
  Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}

# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
  quit(save=save, ...)
}

# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions.  An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets")  # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload()             # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered

# My current environment
.curr.env = NULL

# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")

# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")

# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
  dir.create(.parent.env.dir)

load.env <- function (string, save=TRUE) {
  # Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
  cd(file.path(.parent.env.dir, string))
  for (file in lss()) {
    if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
      source(file)
  }
  .curr.env <<- string
  # Save current environment name to file
  if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
  # Let user know environment switch was successful
  print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}

# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
  if (!is.null(.curr.env))
    load.env(.curr.env, save=FALSE)
  else
    print (" -- not in environment -- ")
}

# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
  load.env(readLines(.last.env.file))
}

Answer 11

sink(file = 'R.log', split=T)

options(scipen=5)

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head =     TRUE, n = 10) {
  # based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
  # modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to-    manage-the-available-memory-in-an-r-session) 
  # I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
  # a data frame of the objects and their associated storage needs.
  napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
          fn(get(x, pos = pos)))
  names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
  obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
  obj.mode <- napply(names, mode)
  obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
  obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
  obj.dim <- t(napply(names, function(x)
            as.numeric(dim(x))[1:2]))
  vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
  obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
  out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
  names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
  out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
  if (head)
    out <- head(out, n)
  out
}

Answer 12

Data.Frames는 'Head'를 입력하지 않고도 'Head'와 같은 다소 표시됩니다.

print.data.frame <- function(df) {
   if (nrow(df) > 10) {
      base::print.data.frame(head(df, 5))
      cat("----\n")
      base::print.data.frame(tail(df, 5))
   } else {
      base::print.data.frame(df)
   }
}

(에서 '헤드'를 출력에 자동으로 적용하는 방법은 무엇입니까? )

Answer 13

나는 종종 전화를 걸어야하는 디버그 전화 체인을 가지고 있으며 그것들을 무책임하게하는 것은 매우 지루할 수 있습니다. 의 도움으로 그래서 커뮤니티, 나는 다음 해결책을 찾아서 이것을 내 .Rprofile.site. # BROWSER 작업보기 창에 브라우저 호출에 대한 개요가 있도록 Eclipse 작업이 있습니다.

# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended

Answer 14

내 것은 너무 화려하지 않습니다 :

# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))

#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }

#For tikzDevice caching 
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )

Answer 15

setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)

MySQL 데이터베이스에서 많은 작업을 수행하므로 즉시 연결하는 것이 신의 선물입니다. Avaialble 데이터베이스를 나열하는 방법 만 있었으면 좋겠다.

Answer 16

스티븐 터너의 게시물 .rprofiles에는 몇 가지 유용한 별칭과 스타터 기능이 있습니다.

나는 그의 HT와 HH를 자주 사용한다는 것을 알게된다.

#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))

# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]

Answer 17

언급 된 아이디어를 포함하여 내 것이 있습니다.

보고 싶은 두 가지 :

• .set.width () / w () 인쇄 너비를 터미널 중 하나로 업데이트하십시오. 불행히도 나는 터미널 크기 조정에서 자동으로이를 수행 할 수있는 방법을 찾지 못했습니다. R 문서는 이것이 일부 통역사가 수행한다고 언급했습니다.
• 역사는 타임 스탬프 및 작업 디렉토리와 함께 매번 저장됩니다.

.

.set.width <- function() {
  cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
  if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
    options(width=100)
  options(width=cols)
}

.First <- function() {
  options(digits.secs=3)              # show sub-second time stamps
  options(max.print=1000)             # do not print more than 1000 lines
  options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
  options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}

# aliases
w <- .set.width

.Last <- function() {
  if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
    timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
    try(savehistory("~/.Rhistory"))
   }
}

Answer 18

rstudio의 "Compile PDF"버튼과 함께 작동하기 위해 Cachesweave (또는 PGFSweave)를 얻기 위해 다음을 사용합니다.

library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")

Answer 19

내 포함 options(menu.graphics=FALSE) 내가 좋아하기 때문에 r에서 크랜 미러 선택에 대한 tcltk 팝업을 비활성화/억제.

Answer 20

여기 내 것입니다. 너무 혁신적인 것은 없습니다. 특정 선택에 대한 생각 :

• 나는 기본값을 설정하면서 갔다 stringsAsFactors CSV를 읽을 때마다 논쟁으로 전달하는 것이 극도로 배수되는 것을 발견했기 때문에. 하지만 매일 원인에 사용되는 문제와 비교할 때 문제가 생겼기 때문에 문제가 생겼습니다.
• 로드하지 않으면 utils 전에 패키지 options(error=recover), 안에 배치하면 복구를 찾을 수 없습니다 interactive() 차단하다.
• 나는 사용했다 .db 내 dropbox 설정이 아니라 options(dropbox=...) 나는 항상 그것을 내부에 사용하기 때문입니다 file.path 그리고 그것은 많은 타이핑을 저장합니다. 선두 . 그것을 나타 내지 못하게합니다 ls().

더 이상 고민하지 않고 :

if(interactive()) {
    options(stringsAsFactors=FALSE)
    options(max.print=50)
    options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}

.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()

.First <- function() {
    if(interactive()) {
        require(functional)
        require(taRifx)
        require(taRifx.geo)
        require(ggplot2)
        require(foreign)
        require(R.utils)
        require(stringr)
        require(reshape2)
        require(devtools)
        require(codetools)
        require(testthat)
        require(utils)
        options(error=recover)
    }
}

Answer 21

다음은 테이블 내보내기 테이블을 사용하기위한 작은 스 니펫입니다. 유액. 내가 쓴 많은 보고서에 대해 모든 열 이름을 수학 모드로 변경합니다. 내 .rprofile의 나머지 부분은 꽤 표준이며 대부분 위에 덮여 있습니다.

# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$

amscols<-function(x){
    colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
    x
}

Answer 22

내 격자 색상 테마를 내 프로필에서 설정했습니다. 내가 사용하는 다른 두 가지 조정은 다음과 같습니다.

# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir)   {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")

# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)

Answer 23

환경 변수 R_USER_WorkSpace가있어 패키지의 상단 디렉토리를 가리 킵니다. .RPROFILE I에서는 작업 디렉토리를 설정하는 함수 DevLib (데이터 ()가 작동) 및 r 하위 디렉토리의 모든 .r 파일을 소스로 정의합니다. 위의 Hadley의 L () 함수와 매우 유사합니다.

devlib <- function(pkg) {
  setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
  sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
  invisible(NULL)
}

.First <- function() {
  setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
  options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}

.Last <- function() update.packages(ask="graphics")

Answer 24

두 가지 기능이 정말로 필요하다는 것을 알았습니다. 먼저 설정했을 때 debug() 여러 기능으로 버그를 해결 했으므로 undebug() 모든 기능 - 하나가 아닙니다. 그만큼 undebug_all() 기능이 허용 된 답변으로 추가되었습니다 여기 최고입니다.

둘째, 많은 기능을 정의하고 특정 변수 이름을 찾고있을 때 ls(), 함수 이름을 포함하여. 그만큼 lsnofun() 게시 된 함수 여기 정말 좋습니다.