Você precisa remover vector<string> fullSequence, sequenceNames;
no vazio Sequence::fastaRead
função.Quando você definir essas variáveis dentro da função e usá-los, você não está acessando os únicos na classe que têm o mesmo nome, está a aceder a variáveis locais que você tem definida na função, a menos que você preceder-los com this->
ao acessar.
As variáveis de classe são, na verdade, o vazio, e você receber uma falha de segmentação.