Depois de mexer nisso, consegui consertar, embora não entenda bem o porquê.
Aparentemente no Umbraco 6.1.6 você tem que adicionar umbraco_toolbar_id manualmente, então adicionei essas 2 linhas
control.ClientIDMode = ClientIDMode.Static;
control.config.Add("umbraco_toolbar_id", "umbTinymceMenu_" + control.ClientID);
para esta função, que se torna
public static void PutTinyMce(ref TinyMCE control, string controlId, PlaceHolder placeHolder, UmbracoPanel panel)
{
DataTypeDefinition d = DataTypeDefinition.GetDataTypeDefinition(Static.DTD_ID_SMALL_RTE); // Custom TinyMCE DataType
control = (umbraco.editorControls.tinyMCE3.TinyMCE)d.DataType.DataEditor;
control.ID = controlId;
control.ClientIDMode = ClientIDMode.Static;
control.config.Add("umbraco_toolbar_id", "umbTinymceMenu_" + control.ClientID);
placeHolder.Controls.Add(control);
panel.Menu.NewElement("div", "umbTinymceMenu_" + control.ClientID, "tinymceMenuBar", 0); // Add TinyMCE controls to menu bar
}
Isso resolveu.Meu TinyMCE aparece novamente :)