problemas de rede: objetos de treliça vindo JAGS, mas o dispositivo não pode ser definido

Question

Eu corri JAGS com runjags em R e eu tenho uma lista de volta gigante (resultados nomeados para este exemplo).

Sempre que eu acessar results$density, dois lattice plots (uma para cada parâmetro) aparecer no dispositivo de quartzo padrão.

Eu preciso combiná-las com par(mfrow=c(2, 1)) ou com uma abordagem semelhante, e enviá-los para o pdf device.

Nada eu tentei está funcionando. Alguma idéia?

Eu tentei dev.print, pdf() com dev.off(), etc. sem sorte.

Answer 1

Aqui está uma maneira de acabar com os painéis "V1" pela manipulação da estrutura Trellis:

p1 <- results$density$c
p2 <- results$density$m

p1$layout <- c(1,1)
p1$index.cond[[1]] <- 1   # remove second index
p1$condlevels[[1]] <- "c"   # remove "V1"
class(p1) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"

p2$layout <- c(1,1)
p2$index.cond[[1]] <- 1   # remove second index
p2$condlevels[[1]] <- "m"   # remove "V1"
class(p2) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"

library(grid)
layout <- grid.layout(2, 1, heights=unit(c(1, 1), c("null", "null")))
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=layout))
pushViewport(viewport(layout.pos.row=1))
print(p1, newpage=FALSE)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.row=2))
print(p2, newpage=FALSE)
popViewport()
popViewport()

pote de c.trellis () resultar http://img142.imageshack.us /img142/3272/ctrellisa.png

Answer 2

A maneira mais fácil de combinar as parcelas é usar os resultados armazenados no resultado de $ MCMC:

# prepare data, see source code of "run.jags"
thinned.mcmc <- combine.mcmc(list(results$mcmc),
                             collapse.chains=FALSE,
                             return.samples=1000)
print(densityplot(thinned.mcmc[,c(1,2)], layout=c(1,2),
                  ylab="Density", xlab="Value"))

Answer 3

Por exemplo, para o exemplo incluído de run.jags, verificar a estrutura da lista usando

sink("results_str.txt")
str(results$density)
sink()

Em seguida, você verá componentes nomeados Layout . O layout para os dois lotes de cada variável pode ser definida usando

results$density$m$layout <- c(1,2)
print(results$density$m)

As parcelas para diferentes parâmetros podem ser combinados usando o método c.trellis do pacote latticeExtra.

class(results$density$m) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"
class(results$density$c) <- "trellis"   # overwrite class "plotindpages"
library("latticeExtra")
update(c(results$density$m, results$density$c), layout=c(2,2))

saída do c.trellis http://img88.imageshack.us/img88/ 6481 / ctrellis.png

Outra abordagem é usar viewports grid:

library("grid")
results$density$m$layout <- c(2,1)
results$density$c$layout <- c(2,1)
class(results$density$m) <- "trellis"
class(results$density$c) <- "trellis"
layout <- grid.layout(2, 1, heights=unit(c(1, 1), c("null", "null")))
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=layout))
pushViewport(viewport(layout.pos.row=1))
print(results$density$m, newpage=FALSE)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.row=2))
print(results$density$c, newpage=FALSE)
popViewport()
popViewport()

saída grade http://img88.imageshack.us/img88/5967/grida .png