Usar o virtualenv com o Anaconda requer alterações no LD_LIBRARY_PATH, mas quebra o Emacs
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21-12-2019 - |
Pergunta
Estou enfrentando um problema semelhante ao descrito em esta postagem e esta postagem mas que acredito ser diferente (ou pelo menos não é respondido por nenhuma das respostas ou comentários dos artigos vinculados).Eu também encontrei esta resposta dos grupos do Google afirmando não usar LD_LIBRARY_PATH com Anaconda, mas sinto que está incorreto.
Eu configurei o virtualenv e o virtualenvwrapper, como explicado aqui.
Eu instalei o Anaconda em /home/usrname/anaconda
Tentei criar um virtualenv para o Anaconda assim:
mkvirtualenv anaconda -p /home/usrname/anaconda/bin/python
mas recebeu os seguintes erros que indicam todo o problema do Find-system-python-instead-of-downloaded-2.7.5-python Acaconda:
espears@espears-w:~/anaconda/bin$ mkvirtualenv anaconda -p /home/espears/anaconda/bin/python
Running virtualenv with interpreter /home/espears/anaconda/bin/python
New python executable in anaconda/bin/python
Installing setuptools, pip...
Complete output from command /home/espears/anacon.../anaconda/bin/python -c "import sys, pip; pip...ll\"] + sys.argv[1:])" setuptools pip:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv_support/pip-1.5-py2.py3-none-any.whl/pip/__init__.py", line 3, in <module>
File "/home/espears/anaconda/lib/python2.7/optparse.py", line 77, in <module>
import textwrap
File "/home/espears/anaconda/lib/python2.7/textwrap.py", line 10, in <module>
import string, re
File "/home/espears/anaconda/lib/python2.7/string.py", line 83, in <module>
import re as _re
File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/re.py", line 105, in <module>
import sre_compile
File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/sre_compile.py", line 14, in <module>
import sre_parse
File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/sre_parse.py", line 17, in <module>
from sre_constants import *
File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/sre_constants.py", line 18, in <module>
from _sre import MAXREPEAT
ImportError: cannot import name MAXREPEAT
----------------------------------------
...Installing setuptools, pip...done.
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 2334, in <module>
main()
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 820, in main
symlink=options.symlink)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 988, in create_environment
install_wheel(to_install, py_executable, search_dirs)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 956, in install_wheel
'PIP_NO_INDEX': '1'
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 898, in call_subprocess
% (cmd_desc, proc.returncode))
OSError: Command /home/espears/anacon.../anaconda/bin/python -c "import sys, pip; pip...ll\"] + sys.argv[1:])" setuptools pip failed with error code 1
Eu exportei /home/espears/anaconda/lib/
para o LD_LIBRARY_PATH
e então o comando virtualenv funcionou sem nenhum problema.eu poderia então fazer workon anaconda
e localizou corretamente a versão anaconda 2.7.5 do Python e tudo ficou ótimo.
Mas então tentei iniciar o Emacs, e parece (como nos posts vinculados no topo) que de alguma forma o posicionamento do Anaconda no LD_LIBRARY_PATH
cria um problema para o Emacs:
espears@espears-w:~$ emacs
Gtk-Message: Failed to load module "canberra-gtk-module"
emacs: symbol lookup error: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpangocairo-1.0.so.0: undefined symbol: cairo_ft_font_options_substitute
Então a questão é:o que está acontecendo de errado?Se eu desmarcar o conteúdo de LD_LIBRARY_PATH
então o anaconda virtualenv apenas usa o Python padrão do sistema.Mas se eu for embora LD_LIBRARY_PATH
sozinho, não consigo iniciar o Emacs.
Adicionado
Aqui está a saída de ldd (which emacs)
depois de exportar as coisas necessárias para o Anaconda LD_LIBRARY_PATH
:
espears@espears-w:~$ export LD_LIBRARY_PATH='/home/espears/anaconda/lib/':$LD_LIBRARY_PATH
espears@espears-w:~$ ldd $(which emacs)
linux-vdso.so.1 => (0x00007fff0a7fe000)
libtiff.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.4 (0x00007f504f455000)
libjpeg.so.8 => /home/espears/anaconda/lib/libjpeg.so.8 (0x00007f504f21e000)
libpng12.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpng12.so.0 (0x00007f504eff5000)
libm.so.6 => /home/espears/anaconda/lib/libm.so.6 (0x00000032b9600000)
libgif.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgif.so.4 (0x00007f504edec000)
libXpm.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXpm.so.4 (0x00007f504ebda000)
libgtk-3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgtk-3.so.0 (0x00007f504e552000)
libgdk-3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgdk-3.so.0 (0x00007f504e2d4000)
libgio-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgio-2.0.so.0 (0x00007f504df84000)
libgdk_pixbuf-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgdk_pixbuf-2.0.so.0 (0x00007f504dd64000)
libpango-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpango-1.0.so.0 (0x00007f504db1b000)
libcairo.so.2 => /home/espears/anaconda/lib/libcairo.so.2 (0x00007f504d841000)
libgobject-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgobject-2.0.so.0 (0x00007f504d5f2000)
libglib-2.0.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libglib-2.0.so.0 (0x00007f504d2fd000)
libSM.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libSM.so.6 (0x00007f504d0f4000)
libICE.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libICE.so.6 (0x00007f504ceda000)
libX11.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libX11.so.6 (0x00007f504cba5000)
libXrender.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXrender.so.1 (0x00007f504c99a000)
libXft.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXft.so.2 (0x00007f504c785000)
libasound.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libasound.so.2 (0x00007f504c498000)
librsvg-2.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/librsvg-2.so.2 (0x00007f504c262000)
libMagickWand.so.4 => /usr/lib/libMagickWand.so.4 (0x00007f504bf4d000)
libMagickCore.so.4 => /usr/lib/libMagickCore.so.4 (0x00007f504baca000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f504b8c1000)
libdbus-1.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdbus-1.so.3 (0x00007f504b67d000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f504b460000)
libxml2.so.2 => /home/espears/anaconda/lib/libxml2.so.2 (0x00007f504b114000)
libgpm.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgpm.so.2 (0x00007f504af0e000)
libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f504ace7000)
libgconf-2.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgconf-2.so.4 (0x00007f504aab8000)
libselinux.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libselinux.so.1 (0x00007f504a899000)
libfreetype.so.6 => /home/espears/anaconda/lib/libfreetype.so.6 (0x00007f504a612000)
libfontconfig.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfontconfig.so.1 (0x00007f504a3db000)
libotf.so.0 => /usr/lib/libotf.so.0 (0x00007f504a1c6000)
libm17n-flt.so.0 => /usr/lib/libm17n-flt.so.0 (0x00007f5049fbb000)
libm17n-core.so.0 => /usr/lib/libm17n-core.so.0 (0x00007f5049d8d000)
libgnutls.so.26 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgnutls.so.26 (0x00007f5049ad1000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f5049711000)
libz.so.1 => /home/espears/anaconda/lib/libz.so.1 (0x00007f50494fb000)
libgmodule-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmodule-2.0.so.0 (0x00007f50492f7000)
libpangocairo-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpangocairo-1.0.so.0 (0x00007f50490ea000)
libXi.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXi.so.6 (0x00007f5048eda000)
libXfixes.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXfixes.so.3 (0x00007f5048cd4000)
libatk-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libatk-1.0.so.0 (0x00007f5048ab2000)
libcairo-gobject.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcairo-gobject.so.2 (0x00007f50488a8000)
libpangoft2-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpangoft2-1.0.so.0 (0x00007f504867e000)
libXext.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXext.so.6 (0x00007f504846d000)
libXinerama.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXinerama.so.1 (0x00007f5048269000)
libXrandr.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXrandr.so.2 (0x00007f5048061000)
libXcursor.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXcursor.so.1 (0x00007f5047e57000)
libXcomposite.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXcomposite.so.1 (0x00007f5047c53000)
libXdamage.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXdamage.so.1 (0x00007f5047a50000)
libresolv.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x00007f5047833000)
libpixman-1.so.0 => /home/espears/anaconda/lib/libpixman-1.so.0 (0x00007f50475b4000)
libpng15.so.15 => /home/espears/anaconda/lib/libpng15.so.15 (0x00007f504737d000)
libffi.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6 (0x00007f5047174000)
libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f5046f37000)
libuuid.so.1 => /home/espears/anaconda/lib/libuuid.so.1 (0x00007f5046d33000)
libxcb.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxcb.so.1 (0x00007f5046b14000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f5046910000)
libcroco-0.6.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcroco-0.6.so.3 (0x00007f50466d6000)
libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f50464c7000)
liblcms.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblcms.so.1 (0x00007f5046290000)
liblqr-1.so.0 => /usr/lib/liblqr-1.so.0 (0x00007f504607c000)
libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f5045e6b000)
libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007f5045c61000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f504f6ce000)
libdbus-glib-1.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdbus-glib-1.so.2 (0x00007f5045a3a000)
libexpat.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so.1 (0x00007f5045810000)
libthai.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libthai.so.0 (0x00007f5045606000)
libtasn1.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtasn1.so.3 (0x00007f50453f5000)
libgcrypt.so.11 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcrypt.so.11 (0x00007f5045177000)
libp11-kit.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libp11-kit.so.0 (0x00007f5044f64000)
libXau.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXau.so.6 (0x00007f5044d60000)
libXdmcp.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0x00007f5044b5a000)
libdatrie.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdatrie.so.1 (0x00007f5044954000)
libgpg-error.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgpg-error.so.0 (0x00007f504474f000)
Solução
Você pode tentar qualquer uma destas sugestões:
desarmar
LD_LIBRARY_PATH
quando você começaemacs
por exemplo, definindo um alias:alias emacs='LD_LIBRARY_PATH= emacs'
(cuidado com o espaço em branco), ou você podeexport LD_PRELOAD=$(ldd $( which emacs)|grep libpangocairo|awk '{print $3}') para forçar o uso da instalação em todo o sistema
libpangocairo
biblioteca.Mas isso pode quebrar a anaconda.
Outras dicas
A razão pela qual você não deseja usar LD_LIBRARY_PATH é que ele altera a ordem do caminho de pesquisa dos carregadores de bibliotecas dinâmicas.Como o Anaconda testa todas as bibliotecas para que funcionem juntas em todos os sistemas, ele empacota muitas bibliotecas que são mais antigas que as versões do sistema.O emacs que você possui está usando uma biblioteca de sistema mais antiga que causa o travamento.
Agora, a razão pela qual o mkvirtualenv está falhando é que o python e outras bibliotecas vinculadas ao Anaconda não estão sendo copiadas corretamente e o ponteiro do link nas bibliotecas dinâmicas está quebrado.
A solução preferida é usar a ferramenta conda para criar ambientes.Por exemplo:
conda create -p ~/anaconda/envs/test2 anaconda=1.4.0 python=2.7 numpy=1.6