Использование virtualenv с Anaconda требует изменений LD_LIBRARY_PATH, но нарушает работу Emacs.

StackOverflow https://stackoverflow.com//questions/21029912

Вопрос

У меня возникла проблема, похожая на проблему, описанную в эта почта и эта почта но я считаю, что это другое (или, по крайней мере, на него нет ответа ни в одном из ответов или комментариев в этих связанных статьях).Я также нашел этот ответ группы Google заявляя, что не следует использовать LD_LIBRARY_PATH с Anaconda, но считаю, что это неправильно.

  1. Я установил virtualenv и virtualenvwrapper, как объяснено здесь.

  2. Я установил Anaconda в /home/usrname/anaconda.

  3. Я попытался создать виртуальную среду для Anaconda следующим образом:

    mkvirtualenv anaconda -p /home/usrname/anaconda/bin/python

но получил следующие ошибки, которые указывают на всю проблему поиска-системы-питона-вместо-загруженного-2.7.5-питона Акаконды:

espears@espears-w:~/anaconda/bin$ mkvirtualenv anaconda -p /home/espears/anaconda/bin/python
Running virtualenv with interpreter /home/espears/anaconda/bin/python
New python executable in anaconda/bin/python
Installing setuptools, pip...
  Complete output from command /home/espears/anacon.../anaconda/bin/python -c "import sys, pip; pip...ll\"] + sys.argv[1:])" setuptools pip:
  Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv_support/pip-1.5-py2.py3-none-any.whl/pip/__init__.py", line 3, in <module>
  File "/home/espears/anaconda/lib/python2.7/optparse.py", line 77, in <module>
    import textwrap
  File "/home/espears/anaconda/lib/python2.7/textwrap.py", line 10, in <module>
    import string, re
  File "/home/espears/anaconda/lib/python2.7/string.py", line 83, in <module>
    import re as _re
  File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/re.py", line 105, in <module>
    import sre_compile
  File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/sre_compile.py", line 14, in <module>
    import sre_parse
  File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/sre_parse.py", line 17, in <module>
    from sre_constants import *
  File "/home/espears/anaconda/bin/anaconda/lib/python2.7/sre_constants.py", line 18, in <module>
    from _sre import MAXREPEAT
ImportError: cannot import name MAXREPEAT
----------------------------------------
...Installing setuptools, pip...done.
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 2334, in <module>
    main()
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 820, in main
    symlink=options.symlink)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 988, in create_environment
    install_wheel(to_install, py_executable, search_dirs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 956, in install_wheel
    'PIP_NO_INDEX': '1'
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/virtualenv.py", line 898, in call_subprocess
    % (cmd_desc, proc.returncode))
OSError: Command /home/espears/anacon.../anaconda/bin/python -c "import sys, pip; pip...ll\"] + sys.argv[1:])" setuptools pip failed with error code 1

я экспортировал /home/espears/anaconda/lib/ к LD_LIBRARY_PATH и тогда команда virtualenv работала без проблем.тогда я мог бы сделать workon anaconda и он правильно обнаружил версию Python anaconda 2.7.5, и все было отлично.

Но затем я попытался запустить Emacs, и оказалось (как в связанных сообщениях вверху), что каким-то образом размещение Anaconda в LD_LIBRARY_PATH создает проблему для Emacs:

espears@espears-w:~$ emacs
Gtk-Message: Failed to load module "canberra-gtk-module"
emacs: symbol lookup error: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpangocairo-1.0.so.0: undefined symbol: cairo_ft_font_options_substitute

Итак, вопрос:что происходит не так?Если я отключу содержимое LD_LIBRARY_PATH тогда anaconda virtualenv просто использует системный Python по умолчанию.Но если я уйду LD_LIBRARY_PATH в одиночку я не могу запустить Emacs.

Добавлен

Вот результат ldd (which emacs) после экспорта необходимых вещей для Анаконды в LD_LIBRARY_PATH:

espears@espears-w:~$ export LD_LIBRARY_PATH='/home/espears/anaconda/lib/':$LD_LIBRARY_PATH
espears@espears-w:~$ ldd $(which emacs)
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff0a7fe000)
    libtiff.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.4 (0x00007f504f455000)
    libjpeg.so.8 => /home/espears/anaconda/lib/libjpeg.so.8 (0x00007f504f21e000)
    libpng12.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpng12.so.0 (0x00007f504eff5000)
    libm.so.6 => /home/espears/anaconda/lib/libm.so.6 (0x00000032b9600000)
    libgif.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgif.so.4 (0x00007f504edec000)
    libXpm.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXpm.so.4 (0x00007f504ebda000)
    libgtk-3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgtk-3.so.0 (0x00007f504e552000)
    libgdk-3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgdk-3.so.0 (0x00007f504e2d4000)
    libgio-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgio-2.0.so.0 (0x00007f504df84000)
    libgdk_pixbuf-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgdk_pixbuf-2.0.so.0 (0x00007f504dd64000)
    libpango-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpango-1.0.so.0 (0x00007f504db1b000)
    libcairo.so.2 => /home/espears/anaconda/lib/libcairo.so.2 (0x00007f504d841000)
    libgobject-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgobject-2.0.so.0 (0x00007f504d5f2000)
    libglib-2.0.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libglib-2.0.so.0 (0x00007f504d2fd000)
    libSM.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libSM.so.6 (0x00007f504d0f4000)
    libICE.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libICE.so.6 (0x00007f504ceda000)
    libX11.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libX11.so.6 (0x00007f504cba5000)
    libXrender.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXrender.so.1 (0x00007f504c99a000)
    libXft.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXft.so.2 (0x00007f504c785000)
    libasound.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libasound.so.2 (0x00007f504c498000)
    librsvg-2.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/librsvg-2.so.2 (0x00007f504c262000)
    libMagickWand.so.4 => /usr/lib/libMagickWand.so.4 (0x00007f504bf4d000)
    libMagickCore.so.4 => /usr/lib/libMagickCore.so.4 (0x00007f504baca000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f504b8c1000)
    libdbus-1.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdbus-1.so.3 (0x00007f504b67d000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f504b460000)
    libxml2.so.2 => /home/espears/anaconda/lib/libxml2.so.2 (0x00007f504b114000)
    libgpm.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgpm.so.2 (0x00007f504af0e000)
    libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f504ace7000)
    libgconf-2.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgconf-2.so.4 (0x00007f504aab8000)
    libselinux.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libselinux.so.1 (0x00007f504a899000)
    libfreetype.so.6 => /home/espears/anaconda/lib/libfreetype.so.6 (0x00007f504a612000)
    libfontconfig.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfontconfig.so.1 (0x00007f504a3db000)
    libotf.so.0 => /usr/lib/libotf.so.0 (0x00007f504a1c6000)
    libm17n-flt.so.0 => /usr/lib/libm17n-flt.so.0 (0x00007f5049fbb000)
    libm17n-core.so.0 => /usr/lib/libm17n-core.so.0 (0x00007f5049d8d000)
    libgnutls.so.26 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgnutls.so.26 (0x00007f5049ad1000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f5049711000)
    libz.so.1 => /home/espears/anaconda/lib/libz.so.1 (0x00007f50494fb000)
    libgmodule-2.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgmodule-2.0.so.0 (0x00007f50492f7000)
    libpangocairo-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpangocairo-1.0.so.0 (0x00007f50490ea000)
    libXi.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXi.so.6 (0x00007f5048eda000)
    libXfixes.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXfixes.so.3 (0x00007f5048cd4000)
    libatk-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libatk-1.0.so.0 (0x00007f5048ab2000)
    libcairo-gobject.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcairo-gobject.so.2 (0x00007f50488a8000)
    libpangoft2-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpangoft2-1.0.so.0 (0x00007f504867e000)
    libXext.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXext.so.6 (0x00007f504846d000)
    libXinerama.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXinerama.so.1 (0x00007f5048269000)
    libXrandr.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXrandr.so.2 (0x00007f5048061000)
    libXcursor.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXcursor.so.1 (0x00007f5047e57000)
    libXcomposite.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXcomposite.so.1 (0x00007f5047c53000)
    libXdamage.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXdamage.so.1 (0x00007f5047a50000)
    libresolv.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x00007f5047833000)
    libpixman-1.so.0 => /home/espears/anaconda/lib/libpixman-1.so.0 (0x00007f50475b4000)
    libpng15.so.15 => /home/espears/anaconda/lib/libpng15.so.15 (0x00007f504737d000)
    libffi.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.6 (0x00007f5047174000)
    libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f5046f37000)
    libuuid.so.1 => /home/espears/anaconda/lib/libuuid.so.1 (0x00007f5046d33000)
    libxcb.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxcb.so.1 (0x00007f5046b14000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f5046910000)
    libcroco-0.6.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcroco-0.6.so.3 (0x00007f50466d6000)
    libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f50464c7000)
    liblcms.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblcms.so.1 (0x00007f5046290000)
    liblqr-1.so.0 => /usr/lib/liblqr-1.so.0 (0x00007f504607c000)
    libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f5045e6b000)
    libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007f5045c61000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f504f6ce000)
    libdbus-glib-1.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdbus-glib-1.so.2 (0x00007f5045a3a000)
    libexpat.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so.1 (0x00007f5045810000)
    libthai.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libthai.so.0 (0x00007f5045606000)
    libtasn1.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtasn1.so.3 (0x00007f50453f5000)
    libgcrypt.so.11 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcrypt.so.11 (0x00007f5045177000)
    libp11-kit.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libp11-kit.so.0 (0x00007f5044f64000)
    libXau.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXau.so.6 (0x00007f5044d60000)
    libXdmcp.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0x00007f5044b5a000)
    libdatrie.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdatrie.so.1 (0x00007f5044954000)
    libgpg-error.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgpg-error.so.0 (0x00007f504474f000)
Это было полезно?

Решение

Вы можете попробовать любое из этих предложений:

  1. не установлен LD_LIBRARY_PATH Когда ты начинаешь emacs например, определив псевдоним: alias emacs='LD_LIBRARY_PATH= emacs'(обратите внимание на пробелы), или вы могли бы

  2. экспорт LD_PRELOAD=$(ldd $(который emacs)|grep libpangocairo|awk '{print $3}'), чтобы принудительно использовать общесистемную установку libpangocairo библиотека.Но это может сломать анаконду.

Другие советы

Причина, по которой вы не хотите использовать LD_LIBRARY_PATH, заключается в том, что он меняет порядок пути поиска загрузчиков динамических библиотек.Поскольку Anaconda тестирует все библиотеки на предмет их совместной работы во всех системах, она упаковывает множество библиотек, которые старше системных версий.Ваш emacs использует старую системную библиотеку, что приводит к сбою.

Теперь причина сбоя mkvirtualenv заключается в том, что Python и другие библиотеки, связанные с Anaconda, не копируются правильно, а указатель ссылки в динамических библиотеках не работает.

Предпочтительным решением является использование инструмента conda для создания сред.Например:

conda create -p ~/anaconda/envs/test2 anaconda=1.4.0 python=2.7 numpy=1.6

Видеть http://docs.continuum.io/conda/examples/create.html

Лицензировано под: CC-BY-SA с атрибуция
Не связан с StackOverflow
scroll top