Erro MPICC ao instalar o mpi4py apesar da instalação correta e funcional do MPICC

Question

Instalei o MPICH com sucesso no Ubuntu 12.04 e consigo fazer com que os programas C de teste simples sejam compilados e executados conforme o esperado.

Agora estou tentando usar o pip para instalar o mpi4py, simplesmente via pip install mpi4py.Eu executei primeiro sudo apt-get build-dep python-mpi4py que funcionou bem.

Estou trabalhando com virtualenv, então esta instalação do mpi4py não é com sudo (e não deveria ser).

Aqui está o comando e o erro que encontrei após um longo conjunto de saídas do console que parecem coisas normais de compilação (posso imprimir todos da saída do console, se necessário, mas acho que a maior parte são avisos padrão do compilador que não indicam problemas).

(local-dev)espears@espears-w:~$ pip install mpi4py
src/ext/mpi_swig.c: In function ‘SWIG_Python_AddErrorMsg’:

src/ext/mpi_swig.c:859:5: error: format not a string literal and no format arguments [-Werror=format-security]

cc1: some warnings being treated as errors

error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1

----------------------------------------
Cleaning up...
Command /home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-5o6OwN-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/espears/.virtualenvs/local-dev/include/site/python2.7 failed with error code 1 in /home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py
Traceback (most recent call last):
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/pip", line 11, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py", line 185, in main
    return command.main(cmd_args)
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/basecommand.py", line 161, in main
    text = '\n'.join(complete_log)
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 31: ordinal not in range(128)

Mas, which mpicc dá o resultado esperado: /usr/bin/mpicc e como mencionado acima, se eu usar isso mpicc para compilar programas de teste .c simples, eles funcionam bem.

Eu vi alguns links descrevendo uma opção de sinalização fPIC para compilar o MPI, mas usei apenas o apt-get para instalar o MPI e quero especificamente contar apenas com pacotes nativos do Ubuntu para essas ferramentas, em vez de manter instruções de instalação separadas para construí-las manualmente.

Como posso determinar por que mpicc está falhando dentro do mpi4py processo de instalação?

Adicionado

O seguinte resultado da saída do console parece ser o comando de compilação que causa o problema.

building 'mpi4py._mpi_swig' extension

/usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o

Isso gera o seguinte erro quando tento na linha de comando:

(local-dev)espears@espears-w:~$ /usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o
gcc: error: src/ext/mpi_swig.c: No such file or directory
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.

Answer 1

Consegui contornar isso com sucesso, sem alterações em nada em meu sistema, simplesmente apontando pip para o URL do pacote MPI4PY, em vez do nome do pacote:

pip install https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py/downloads/mpi4py-1.3.1.tar.gz

Answer 2

Um problema semelhante foi encontrado no Ubuntu 18.04 com openmpi-4.0.0.Resolvido instalando uma versão mais antiga do openmpi-2.1.6.

apt-get install openmpi=2.1.6