Ошибка MPICC при установке mpi4py, несмотря на правильную и работающую установку MPICC

Question

Я успешно установил MPICH в Ubuntu 12.04 и могу компилировать и запускать простые тестовые программы на C, как ожидалось.

Теперь я пытаюсь использовать pip для установки mpi4py, просто через pip install mpi4py.Я сначала выполнил sudo apt-get build-dep python-mpi4py который работал нормально.

Я работаю с virtualenv, поэтому установка mpi4py не выполняется с помощью sudo (и не должна быть).

Вот команда и ошибка, с которой я столкнулся после длинного набора выводов консоли, который выглядит как обычный материал компиляции (я могу распечатать все вывода консоли, если это необходимо, но я думаю, что по большей части это стандартные предупреждения компилятора, которые указывают на отсутствие проблем).

(local-dev)espears@espears-w:~$ pip install mpi4py
src/ext/mpi_swig.c: In function ‘SWIG_Python_AddErrorMsg’:

src/ext/mpi_swig.c:859:5: error: format not a string literal and no format arguments [-Werror=format-security]

cc1: some warnings being treated as errors

error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1

----------------------------------------
Cleaning up...
Command /home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-5o6OwN-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/espears/.virtualenvs/local-dev/include/site/python2.7 failed with error code 1 in /home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py
Traceback (most recent call last):
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/pip", line 11, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py", line 185, in main
    return command.main(cmd_args)
  File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/basecommand.py", line 161, in main
    text = '\n'.join(complete_log)
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 31: ordinal not in range(128)

Но, which mpicc дает ожидаемый результат: /usr/bin/mpicc и, как упоминалось выше, если я использую это mpicc для компиляции простых тестовых программ .c они работают нормально.

Я видел несколько ссылок, описывающих опцию флага. fPIC для компиляции MPI, но я просто использовал apt-get для установки MPI и, в частности, хочу полагаться только на собственные пакеты Ubuntu для этих инструментов, а не на отдельные инструкции по установке для их ручной сборки.

Как я могу определить, почему mpicc терпит неудачу в mpi4py процесс установки?

Добавлен

Следующее из вывода консоли, по-видимому, является командой компиляции, которая вызывает проблему.

building 'mpi4py._mpi_swig' extension

/usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o

Это дает следующую ошибку, когда я сам пытаюсь из командной строки:

(local-dev)espears@espears-w:~$ /usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o
gcc: error: src/ext/mpi_swig.c: No such file or directory
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.

Answer 1

Мне удалось успешно обойти эту проблему без каких-либо изменений в моей системе, просто указав pip на URL-адрес пакета MPI4PY, а не на имя пакета:

pip install https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py/downloads/mpi4py-1.3.1.tar.gz

Answer 2

Аналогичная проблема возникла в Ubuntu 18.04 с openmpi-4.0.0.Решается установкой более старой версии openmpi-2.1.6.

apt-get install openmpi=2.1.6