Pergunta

Recentemente, vi alguém com uma camiseta com algum código Perl nas costas. Tirei uma foto e saí do código:

alt text

Em seguida, tentei extrair o código da imagem via OCR, então instalei TESSERACT OCR e as ligações de Python para isso, Pytesser.

Pytesser funciona apenas em imagens TIFF, então converti a imagem no GIMP e digitei o seguinte código (Ubuntu 9.10):

>>> from pytesser import *
>>> image = Image.open('code.tif')
>>> print image_to_string(image)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "pytesser.py", line 30, in image_to_string
    util.image_to_scratch(im, scratch_image_name)
  File "util.py", line 7, in image_to_scratch
    im.save(scratch_image_name, dpi=(200,200))
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/PIL/Image.py", line 1406, in save
    save_handler(self, fp, filename)
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/PIL/BmpImagePlugin.py", line 197, in _save
    raise IOError("cannot write mode %s as BMP" % im.mode)
IOError: cannot write mode RGBA as BMP
>>> r,g,b,a = image.split()
>>> img = Image.merge("RGB", (r,g,b))
>>> print image_to_string(img)
Tesseract Open Source OCR Engine

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   § {Jf**$d$ }‘$p•¢L#d¤ Sc}
  »   i `  i A1:

Isso é claramente sem sentido que sai do mecanismo OCR. Então, minha pergunta é:

  • O que preciso fazer para obter melhores resultados de OCR do Tesseract?
  • Ou alguém mais tem melhor sorte extraindo o código da imagem acima de outra maneira?
Foi útil?

Solução

Você provavelmente pode digitar mais rápido do que limpar imagens e instalar os motores OCR:

#!/usr/bin/perl
(my$d=q[AA                GTCAGTTCCT
  CGCTATGTA                 ACACACACCA
    TTTGTGAGT                ATGTAACATA
      CTCGCTGGC              TATGTCAGAC
        AGATTGATC          GATCGATAGA
          ATGATAGATC     GAACGAGTGA
            TAGATAGAGT GATAGATAGA
              GAGAGA GATAGAACGA
                TC GATAGAGAGA
                 TAGATAGACA G
               ATCGAGAGAC AGATA
             GAACGACAGA TAGATAGAT
           TGAGTGATAG    ACTGAGAGAT
         AGATAGATTG        ATAGATAGAT
       AGATAGATAG           ACTGATAGAT
     AGAGTGATAG             ATAGAATGAG
   AGATAGACAG               ACAGACAGAT
  AGATAGACAG               AGAGACAGAT
  TGATAGATAG             ATAGATAGAT
  TGATAGATAG           AATGATAGAT
   AGATTGAGTG        ACAGATCGAT
     AGAACCTTTCT   CAGTAACAGT
       CTTTCTCGC TGGCTTGCTT
         TCTAA CAACCTTACT
           G ACTGCCTTTC
           TGAGATAGAT CGA
         TAGATAGATA GACAGAC
       AGATAGATAG  ATAGAATGAC
     AGACAGAGAG      ACAGAATGAT
   CGAGAGACAG          ATAGATAGAT
  AGAATGATAG             ACAGATAGAC
  AGATAGATAG               ACAGACAGAT
  AGACAGACTG                 ATAGATAGAT
   AGATAGATAG                 AATGACAGAT
     CGATTGAATG               ACAGATAGAT
       CGACAGATAG             ATAGACAGAT
         AGAGTGATAG          ATTGATCGAC
           TGATTGATAG      ACTGATTGAT
             AGACAGATAG  AGTGACAGAT
               CGACAGA TAGATAGATA
                 GATA GATAGATAG
                    ATAGACAGA G
                  AGATAGATAG ACA
                GTCGCAAGTTC GCTCACA
])=~s/\s+//g;%a=map{chr $_=>$i++}65,84,67,
71;$p=join$;,keys%a;while($d=~/([$p]{4})/g
){next if$j++%96>=16;$c=0;for$d(0..3){$c+=
$a{substr($1,$d,1)}*(4**$d)}$perl.=chr $c}
             eval $perl;

Editar: erro de digitação.

Outras dicas

O pré-processamento definitivamente produzirá uma imagem mais viável.

Por exemplo, aqui está o resultado dos filtros de "níveis", "diferença de gaussianos" e "níveis" na imagem.

pre processed image

Apenas alguns pequenos erros de digitação no código Reddwight.

#!/usr/bin/perl
(my $d=q[AA                GTCAGTTCCT
  CGCTATGTA                 ACACACACCA
    TTTGTGAGT                ATGTAACATA
      CTCGCTGGC              TATGTCAGAC
        AGATTGATC          GATCGATAGA
          ATGATAGATC     GAACGAGTGA
            TAGATAGAGT GATAGATAGA
              GAGAGA GATAGAACGA
                TC GATAGAGAGA
                 TAGATAGACA G
               ATCGAGAGAC AGATA
             GAACGACAGA TAGATAGAT
           TGAGTGATAG    ACTGAGAGAT
         AGATAGATTG        ATAGATAGAT
       AGATAGATAG           ACTGATAGAT
     AGAGTGATAG             ATAGAATGAG
   AGATAGACAG               ACAGACAGAT
  AGATAGACAG               AGAGACAGAT
  TGATAGATAG             ATAGATAGAT
  TGATAGATAG           AATGATAGAT
   AGATTGAGTG        ACAGATCGAT
     AGAACCTTTCT   CAGTAACAGT
       CTTTCTCGC TGGCTTGCTT
         TCTAA CAACCTTACT
           G ACTGCCTTTC
           TGAGATAGAT CGA
         TAGATAGATA GACAGAC
       AGATAGATAG  ATAGAATGAC
     AGACAGAGAG      ACAGAATGAT
   CGAGAGACAG          ATAGATAGAT
  AGAATGATAG             ACAGATAGAC
  AGATAGATAG               ACAGACAGAT
  AGACAGACTG                 ATAGATAGAT
   AGATAGATAG                 AATGACAGAT
     CGATTGAATG               ACAGATAGAT
       CGACAGATAG             ATAGACAGAT
         AGAGTGATAG          ATTGATCGAC
           TGATTGATAG      ACTGATTGAT
             AGACAGATAG  AGTGACAGAT
               CGACAGA TAGATAGATA
                 GATA GATAGATAG
                    ATAGACAGA G
                  AGATAGATAG ACA
                GTCGCAAGTTC GCTCACA
])=~s/\s+//g;%a=map{chr $_=>$i++}65,84,67,
71;$p=join$;,keys%a;while($d=~/([$p]{4})/g
){next if$j++%96>=16;$c=0;for$d(0..3){$c+=
$a{substr($1,$d,1)}*(4**$d)}$perl.=chr $c}
             eval $perl;

que quando executado produz:

Just another genome hacker.

Se eu fosse você, começaria limpando a imagem o máximo possível, usando um programa de manipulação de imagens (GIMP, por exemplo) para que a entrada para o OCR fosse mais facilmente compreensível.

Se possível, vá buscar a criação de uma imagem apenas em preto e branco.

Hmm Talvez você precise processar a imagem, ou seja, alguns filtros como 'detecção de borda', relevo/grave ou filtro de ruído ...

Os bons OCRs são fortemente guiados por redundâncias em línguas naturais para produzir um subconjunto para "o que pode ser o próximo personagem". O código PERL não fornece tal ajuda ao OCR. Digite -o à mão.

A chave para uma tarefa como essa é tirar proveito das restrições evidentes. Encontre uma biblioteca que permite especificar seu próprio conjunto de personagens. Exija que todos os caracteres nas principais hélices de DNA sejam de ATG C. exigem que tudo analise como Perl. Digite as partes difíceis à mão, se necessário.

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