Вам нужно удалить vector<string> fullSequence, sequenceNames;
в пустоте Sequence::fastaRead
функция Когда вы определяете эти переменные внутри этой функции и используете их, вы не получаете доступа к тем, которые в классе имеют одинаковое имя, вы получаете доступ к локальным переменным, которые вы определили в этой функции, если только вы не придаете их с this->
во время доступа.
Переменные в классе на самом деле пусты, и вы получаете ошибку сегментации.