write.table записывает нежелательный ведущий пустой столбец в заголовок, когда имеет имена строк

Question

проверьте этот пример:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

таблица отображается корректно.Существует два различных способа записи этого в файл...

write.csv(a, 'a.csv') который дает, как и ожидалось:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

и write.table(a, 'a.txt') что облажается

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

действительно, пустая вкладка отсутствует....что является занозой в заднице для всего, что происходит ниже по течению.Это ошибка или особенность?Есть ли обходной путь?(кроме write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

Твое здоровье, янник

Answer 1

Цитирование ?write.table, раздел CSV-файлы:

По умолчанию для столбца с именами строк нет имени столбца.Если col.names = NA и row.names = TRUE пустой название добавляется столбец, который является используется конвенции для CSV файлов ознакомиться с электронными таблицами.

Так что вы должны сделать

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

и вы получаете

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 2

Небольшое изменение в очень полезном ответе @Marek добавит заголовок в столбец rownames:временно добавьте имена строк в качестве первого столбца в data.frame и запишите это, игнорируя реальные имена строк.

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

и вы получаете

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 3

Для всех, кто работает в аккуратная вселенная (dplyr и т.д.), the rownames_to_column() функция из тиббл пакет можно использовать для простого преобразования row.names в столбец, например:

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

Объединяя это с row.names=FALSE опция в write.table() выдает результат с именами заголовков для всех столбцов.

Answer 4

Для тех, кто сталкивается с такой же проблемой при сохранении матрицы с помощью write.table() и хотите сохранить столбец row.names, на самом деле есть чрезвычайно простое решение:

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

Делая это, вы, по сути, обманываете write.table функция для создания метки заголовка для столбца row.names.Результирующий CSV-файл будет выглядеть следующим образом:

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6 

Answer 5

Я переработал простую функцию от @mnel, которая добавляет гибкости за счет использования подключений.Вот эта функция:

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

Вы можете указать функцию как "write.table", "write.csv", "write.delim" и т.д.

Ваше здоровье!