Hinzufügen von RMYSQL -Paket zu R fehlschlägen (unter Windows)?

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/4785933

  •  24-10-2019
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Frage

Ich kann nicht herausfinden, warum mein RMYSQL -Paket nicht installiert wird - hier bekomme ich:

> install.packages('RMySQL',type='source')
trying URL 'http://cran.mirrors.hoobly.com/src/contrib/RMySQL_0.7-5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 160769 bytes (157 Kb)
opened URL
downloaded 157 Kb

* installing *source* package 'RMySQL' ...
ERROR: configuration failed for package 'RMySQL'
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'

The downloaded packages are in '(foo)'

Warning message:
In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had    non-zero exit status

Ich denke nicht, dass es ein Problem mit der MySQL -Installation ist, da die richtigen Werte in der Registrierung zu sein scheinen:

> Sys.getenv('MYSQL_HOME')
                 MYSQL_HOME "C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.1/" 
> readRegistry("SOFTWARE\\MySQL AB", hive="HLM", maxdepth=2)
$`MySQL Server 5.1`
$`MySQL Server 5.1`$DataLocation
[1] "C:\\Documents and Settings\\All Users\\Application Data\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$FoundExistingDataDir 
[1] "0"

$`MySQL Server 5.1`$Location 
[1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$Version
[1] "5.1.54"

Verwirrt. Jede Hilfe wäre sehr geschätzt!

War es hilfreich?

Lösung

Der Grundprozess wird beschrieben hier, Aber es gibt mehrere Hinweise, also werde ich die ganze Lösung beschreiben (Bitte ändern Sie die R -Version und die Pfade bei Bedarf):

  1. Installieren Sie die neuesten RTools von hier
  2. Installieren Sie MySQL- oder Header- und Bibliotheksdateien von MySQL
  3. Datei erstellen oder bearbeiten C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site und fügen Sie eine Zeile hinzu wie MYSQL_HOME=C:/mysql (Pfad zu Ihren MySQL -Dateien)
  4. Kopieren Sie libmysql.lib von MySQL/lib nach MySQL/lib/entscheiden Sie sich für die Begegnung der Abhängigkeiten.
  5. Kopieren Sie libmysql.dll an C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin oder zu windows/system32 Verzeichnis.
  6. Lauf install.packages('RMySQL',type='source') Und warten Sie, während die Zusammenstellung endet.

Dies funktionierte für mich unter Windows 7 64 Bit, daher sollte es keine Probleme mit 32 Bit -Versionen geben

Initialisch gepostet hier (ähnliche Frage).

Andere Tipps

Zuerst würde ich versuchen, den Anweisungen auf dieser Seite zu folgen: http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/rmysql

Stellen Sie dann sicher, dass Sie tatsächlich einen MySQL -Client auf Ihrem Computer haben, nicht nur den Server selbst. Ich hatte selbst ein Problem, bei dem ich eine ältere Binärdatei für den Kunden verwenden musste, aber Sie können diese von der MySQL -Website herunterladen.

Ich habe eine Binärdatei geschaffen, die für Menschen funktionieren könnte:

http://kenahoo.blogspot.com/2011/09/rmysql-binary-for-windows-7.html

Im Grunde habe ich all diese Richtungen gefolgt, einschließlich derer auf der Vanderbilt -Seite, aber aus dem einen oder anderen Grund scheint es nicht immer zu funktionieren. Wie auch immer, ich hoffe, dies könnte für Leute hilfreich sein, die die gleichen Versionen haben, die ich verwendet habe.

Ich hatte das gleiche Problem unter Windows 7 mit R 2.12.1 x64 und löste es durch:

  1. Ändern des R -Verzeichnisses in meinem PATH variabel zu C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\x64 (anstatt nur ...\R-2.12.1\bin).
  2. Kopieren ...\MySQL Server 5.5\lib\libmysql.dll zu ...\MySQL Server 5.5\bin\.
  3. Betrieb R CMD INSTALL RMySQL_0.7-5.tar.gz in cmd.exe (install.packages('RMySQL',type='source') in r würde immer noch nicht funktionieren).

Ich bin auf diese Schritt-für-Schritt-Anleitung gestoßen, um RMYSQL unter Windows7 64bit zu installieren.

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql- und -Windows/

Die Software, die ich verwendet habe, sind:

  1. Windows 8 OS
  2. R3.0.2 - 64bit
  3. Rtools 3.1
  4. MySQL Server Community Edition 5.6 - 64bit

Nach der obigen Anleitung (mit der vorgesehenen Screenshots) funktioniert meine Installation und das Laden des RMYSQL -Pakets.

Vielen Dank an Arne Hendrik Schulz!

Wie Marek sagte. Für dieses Paket gibt es kein Windows -Binär. Ich hatte ähnliche Probleme auf meinem Mac, als ich versuchte, RPostgresql (weil es für Mac keine Binärdatei gibt), am Ende zu meinen eigenen kompilieren und mehrere Dateien ändern musste.

Für den MySQL -Teil (wenn Sie nicht viel über MySQL wissen), möchten Sie vielleicht verwenden Wamp Das ist zugegebenermaßen mehr als Sie benötigen, aber einfach zu installieren und zu starten und herunterzufahren.

Für einige Kompilien helfen Sie möglicherweise interessiert an Rtools

HTH

BTW: Welche Art von Fenstern laufen Sie (Sry, wenn ich es verpasst habe)

Sie sind jedoch derzeit eine zusätzliche Anforderung (mit dem MySQL Server Version 5.5 & R2.12.1) folgen. unterscheidet sich zu dem, was im Paket erwartet wird.

dh für die 64 -Bit -Kompilierung. Es wird erwartet, dass die libmysql.dll in "$ {mysql_home}"/bin/libmysql.dll ist, kopieren Sie die DLL also einfach zum/bin Dir und es wird jetzt kompilieren.

Für das 32 -Bit -Vergleich. Das libmysql.lib wird in "$ {mysql_home}"/lib/opt/libmysql.lib erneut bewegt, um das Problem zu lösen.

Alternativ, wenn Sie diese Dateien nicht verschieben möchten oder nicht verschieben können. Dann können Sie die Quellcode -Dateien bearbeiten: makevars.win makevars.win32 makevars.win64 angemessen auf /lib/libmysql.dll /lib/libmysql.lib

Fügen Sie MySQL und Rtools Directory zum Pfad hinzu!

Hier ist mein Weg ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

Ich habe in den letzten 2 Tagen an der Installation von R mit RMYSQL-Paket gearbeitet und endlich die Lösung dafür erhalten. Hier sind die Schritte zur Installation von RMYSQL-Paket:-

  1. Laden Sie Software aus den folgenden Links herunter: *a. R2.13.2: r von r von herunterladen http://cran.stat.sfu.ca/index.html

      b. RTools 214:  Download RTools from http://cran.cict.fr

  c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from 
  http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz

  d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com

  e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org*

  2. Stellen Sie die folgenden Umgebungsvariablen fest

     * a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder
      e.g. MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ 

  b. R_HOME: <drive>/path to R installation
     e.g. R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\

  c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. *

    Stellen Sie sicher, dass die folgenden Pfade in Ihrer Windows -Pfadvariablen enthalten sind: Rtools 2.14 bin rtools 2.14 mingw bin rtools 2.14 mingw64 bin

  3. Ordner erstellen und Dateien kopieren

    a. OPT: Erstellen Sie einen Ordner opt unter C: Programme Mysql Mysql Server 5.5 lib und kopieren
    Mysqllib.lib der obige Pfad. Kopieren Sie auch libmysql.dll in r r-2.14.0 bin (64 Bit) oder r r-2.14.0 bin i386 (32 Bit) und nach C: Windows System32.

b. Renviron.site: Erstellen oder bearbeiten Sie eine Datei r r-2.14.0 usw. renviron.sit und fügen Sie eine Zeile hinzu: mysql_home = ”c:/Programmdateien/MySQL/MySQL Server 5.5/” NB: Verwenden Sie Forward Slash verwenden Und doppelte Zitate hier

c. libmy

  1. Befehle ausführen

    a. Install.packages: Führen Sie die R -GUI aus, indem Sie auf das R -Symbol auf dem Desktop oder vom Startmenü klicken. Typ install.packages ("rmysql", type = "Quellen"). Dadurch wird die erforderliche Software aus Repositories heruntergeladen.

b. Eingabeaufforderung: Kopieren Sie die heruntergeladene ZIP -Datei (in Schritt 4.A.) und fügen Sie sie unter R -Installationsordner ein. Gehen Sie zum Startmenü und öffnen Sie die Eingabeaufforderung. Gehen Sie zum R-Installationsordner R und geben Sie R CMD RMYSQL_0.8-0.tar.gz ein

  *COMMANDS:
  >library(RMySQL)
   >drv = dbDriver("MySQL")
   >con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root")
   >album = dbGetQuery(con,statement="select * from t_master")
   >album*

18 Monate später, neuer Laptop, gleiches Problem. Rückkehr zum Tatort - Entschuldigung Januar 2011 selbst; Wir sind in Zukunft und diese Installation macht immer noch keinen Spaß.

Gewonnene Erkenntnisse:

-Updated rtools sind wesentlich. Erhalten Sie.

-Sehen Sie einen Fehler in der Reihe von Zeilen von .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details? Dies scheint zu bedeuten, dass es ein Problem mit Ihren Systemumgebungsvariablen gibt.

In r, rennen 

Sys.getenv('MYSQL_HOME')

Wenn es einen Pfad zurückspuckt wie

 [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6"

Du bist gut. Aber wenn es Ihnen eine leere Zeichenfolge gibt, müssen Sie dies festlegen.

Dies sind alles Windows 7 -Richtungen, aber der Prozess ist in XP ziemlich ähnlich, wenn der Speicher dient.

1) Systemeigenschaften> Fortgeschrittene> Umgebungsvariablen aufrufen.

2) Klicken Sie in der niedrigeren Systemvariablen "Neu" auf "Neu".

3) Variabler Name ist MYSQL_HOME und Wert ist, was auch immer der Weg zu Ihrer MySQL -Installation ist - meine war C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6

Neuere Versionen von MySQL scheinen bei der Installation keine Umgebungsvariable zu erstellen - das und das Fehlen von Binärdateien für RMYSQL erklären, warum diese Fragen 8.000 Treffer erzielt haben.

-immer noch stecken? Hier sind zwei weitere eingehende Verfasser: 1, 2

Im Folgenden funktionierte für mich in Red Hat Linux

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz
sudo R CMD INSTALL  --configure-args='--with-mysql-inc=/usr/include/mysql' --configure-args='--with-mysql-lib=/usr/lib64/mysql' RMySQL_0.9-3.tar.gz
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