la adición de RMySQL paquete a R falla (en Windows)?

https://stackoverflow.com/questions/4785933

24-10-2019
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Pregunta

No puedo entender por qué mi RMySQL paquete no se instala - he aquí lo que me sale:

> install.packages('RMySQL',type='source')
trying URL 'http://cran.mirrors.hoobly.com/src/contrib/RMySQL_0.7-5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 160769 bytes (157 Kb)
opened URL
downloaded 157 Kb

* installing *source* package 'RMySQL' ...
ERROR: configuration failed for package 'RMySQL'
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'

The downloaded packages are in '(foo)'

Warning message:
In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had    non-zero exit status

Yo no creo que sea un problema con el MySQL instalar, como los valores de la derecha parecen estar en el registro:

> Sys.getenv('MYSQL_HOME')
                 MYSQL_HOME "C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.1/" 
> readRegistry("SOFTWARE\\MySQL AB", hive="HLM", maxdepth=2)
$`MySQL Server 5.1`
$`MySQL Server 5.1`$DataLocation
[1] "C:\\Documents and Settings\\All Users\\Application Data\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$FoundExistingDataDir 
[1] "0"

$`MySQL Server 5.1`$Location 
[1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$Version
[1] "5.1.54"

Desconcertados.Cualquier ayuda sería muy apreciada!

Solución

El proceso básico se describe aquí, pero hay varias sugerencias, así que describiré toda la solución (Cambie la versión R y las rutas si es necesario):

Instale los últimos rtools desde aquí
Instale mysql o archivos de encabezado y biblioteca de MySQL
crear o editar archivo C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site y agregar línea como MYSQL_HOME=C:/mysql (ruta a sus archivos mysql)
Copie libmysql.lib de mysql/lib a mysql/lib/opte por cumplir con las dependencias.
Copiar libmysql.dll a C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin o para windows/system32 directorio.
correr install.packages('RMySQL',type='source') Y espera mientras terminará la compilación.

Esto funcionó para mí en Windows 7 de 64 bits, por lo que no debería haber problemas con versiones de 32 bits

Publicado inicialmente aquí (pregunta similar).

Otros consejos

Primero intentaría seguir las instrucciones en esta página: http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/rmysql

Luego, asegúrese de tener un cliente MySQL en su computadora, no solo en el servidor en sí. Yo mismo tuve un problema en el que tuve que usar un binario más antiguo para el cliente, pero puede descargarlos desde el sitio web de MySQL.

Creé un binario que podría funcionar para las personas:

http://kenahoo.blogspot.com/2011/09/rmysql-binary-for-windows-7.html

Básicamente seguí todas estas direcciones, incluidas las de la página de Vanderbilt, pero por una razón u otra no siempre parece funcionar. De todos modos, espero que esto pueda ser útil para las personas que tienen las mismas versiones de cosas que usé.

Estaba teniendo este mismo problema en Windows 7 con R 2.12.1 x64 y lo resolví por:

Cambiar el directorio R en mi PATH variable a C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\x64 (en lugar de solo ...\R-2.12.1\bin).
Proceso de copiar ...\MySQL Server 5.5\lib\libmysql.dll a ...\MySQL Server 5.5\bin\.
Correr R CMD INSTALL RMySQL_0.7-5.tar.gz en cmd.exe (install.packages('RMySQL',type='source') en r todavía no funcionaría).

Encontré esta guía paso a paso para instalar RMYSQL en Windows7 64bit.

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

El software que utilicé es:

OS de Windows 8
R3.0.2 - 64 bits
RTOOLS 3.1
MySQL Server Community Edition 5.6 - 64 bits

Siguiendo la guía anterior (con capturas de pantalla proporcionadas), mi instalación y carga del paquete RMYSQL funciona.

¡Muchas gracias a Arne Hendrik Schulz!

Como dijo Marek. No hay Windows binario para este paquete. Tenía problemas similares en mi Mac cuando intenté instalar RPostgresql (porque no hay binario para Mac) al final tuve que compilarlo por mi cuenta y modificar varios archivos.

Para la parte mysql (si no sabes mucho sobre mysql), es posible que desee usar Mueca que es ciertamente más de lo que necesita, pero es fácil de instalar y para comenzar y apagar.

Para una ayuda de compilación, podría estar interesado en Rtools

Hth

Por cierto: ¿Qué tipo de ventanas ejecutas (sry, si me lo perdí)

Sin embargo, usted hay un requisito adicional en la actualidad (con el servidor MySQL versión 5.5 y R2.12.1) Siga las instrucciones de http: //biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/rmysql como las ubicaciones de Libmysql.dll difiere a lo que se espera en el paquete.

es decir, para la compilación de 64 bits. Espera que el libmysql.dll esté en "$ {mysql_home}"/bin/libmysql.dll, así que simplemente copie la dll al/bin dir y ahora se compilará.

para la compilación de 32 bits. Se espera que el libmysql.lib sea "$ {mysql_home}"/lib/opt/libmysql.lib nuevamente moviendo esto debería resolver el problema.

Alternativamente, si no desea o no puede mover estos archivos. Luego puede editar los archivos del código fuente: makevars.win makevars.win32 makevars.win64 apuntando apropiadamente a /lib/libmysql.dll /lib/libmysql.lib

¡Agregue el directorio MySQL y RTools a la ruta!

Aquí está mi camino ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

Yo estaba trabajando durante los 2 últimos días en la Instalación de R con RMySQL paquete, finalmente tengo la solución para eso, aquí están los pasos para instalar RMySQL paquete:-

DESCARGAR SOFTWARE DE LOS SIGUIENTES ENLACES:*una.R2.13.2:Descargar R de http://cran.stat.sfu.ca/index.html

  b. RTools 214:  Download RTools from http://cran.cict.fr

  c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from 
  http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz

  d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com

  e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org*

CONFIGURAR LAS SIGUIENTES VARIABLES DE ENTORNO

 * a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder
      e.g. MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ 

  b. R_HOME: <drive>/path to R installation
     e.g. R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\

  c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. *

Asegúrese de que las rutas de acceso siguientes areincluded en su RUTA de acceso de Windows variable: tools\2.14\bin tools\2.14\MinGW\bin tools\2.14\MinGW64\bin

CREAR CARPETA Y COPIAR LOS ARCHIVOS

una.OPT:Crear una carpeta OPT bajo C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\lib y copia
MYSQLLIB.LIB la ruta de arriba.También copia libmysql.dll a \ -2.14.0\bin\ (64 bits) O \ -2.14.0\bin\i386\ (32 bits) y a C:\Windows\System32.

b.Renviron.sitio:crear o editar un archivo \ -2.14.0\etc environ.sitio y agregar un línea:MYSQL_HOME ="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.5/" NB:USO DE LA BARRA DIAGONAL Y DOBLE CITA AQUÍ

c.libMySQL.dll:Copia este archivo a C:\Program Files -2.13.2\bin\i386 así como C:\Program Files -2.13.2\bin

EJECUTAR COMANDOS

una.Instalar.Paquetes:Ejecutar R GUI haciendo clic en el R el icono en el escritorio o desde el menú Inicio.Tipo de INSTALAR.PAQUETES("RMySQL",type="Fuentes").Esto va a descargar el software desde los repositorios.

b.Símbolo Del Sistema:Copia el archivo zip descargado (en el paso 4.un.) y péguelo en virtud de R carpeta de instalación.Ir al menú inicio y abra el Símbolo del sistema.Ir a la R de la carpeta de instalación y el tipo R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz

  *COMMANDS:
  >library(RMySQL)
   >drv = dbDriver("MySQL")
   >con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root")
   >album = dbGetQuery(con,statement="select * from t_master")
   >album*

18 meses después, nueva computadora portátil, mismo problema. Volviendo a la escena del crimen - Lo siento enero de 2011 Self; Estamos en el futuro, y esta instalación aún no es divertida.

Lecciones aprendidas:

-Los rtOols superados son básico. Obtener a ellos.

-¿Tra viendo un error en la línea de .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details? Esto parece significar que hay un problema con las variables de entorno de su sistema.

En R, corre

Sys.getenv('MYSQL_HOME')

Si escupe un camino como

 [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6"

Estas bien. Pero si le da una cadena vacía, debe establecer esto.

Estas son todas las instrucciones de Windows 7, pero el proceso es bastante similar en XP, si la memoria sirve.

1) Lleve propiedades del sistema> Avanzado> Variables de entorno.

2) En el panel de 'variables del sistema inferior', haga clic en 'Nuevo'.

3) El nombre de la variable es MYSQL_HOME Y el valor es cualquiera que sea la ruta para su instalación de MySQL: el mío fue C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6

Las versiones más nuevas de MySQL no parecen crear una variable de entorno en la instalación, que y la falta de binarios para RMYSQL explican por qué estas preguntas han generado 8,000 hits.

-La todavía atascada? Aquí hay dos escritos adicionales en profundidad: 1, 2

A continuación funcionó para mí en Red Hat Linux

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz
sudo R CMD INSTALL  --configure-args='--with-mysql-inc=/usr/include/mysql' --configure-args='--with-mysql-lib=/usr/lib64/mysql' RMySQL_0.9-3.tar.gz

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