aggiungendo pacchetto RMySQL a R fallisce (su Windows)?

https://stackoverflow.com/questions/4785933

24-10-2019
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Domanda

Non riesco a capire perché il mio pacchetto RMySQL non verrà installato - ecco cosa ottengo:

> install.packages('RMySQL',type='source')
trying URL 'http://cran.mirrors.hoobly.com/src/contrib/RMySQL_0.7-5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 160769 bytes (157 Kb)
opened URL
downloaded 157 Kb

* installing *source* package 'RMySQL' ...
ERROR: configuration failed for package 'RMySQL'
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'

The downloaded packages are in '(foo)'

Warning message:
In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had    non-zero exit status

Non credo che sia un problema con l'installazione di MySQL, come i giusti valori sembrano essere nel Registro di sistema:

> Sys.getenv('MYSQL_HOME')
                 MYSQL_HOME "C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.1/" 
> readRegistry("SOFTWARE\\MySQL AB", hive="HLM", maxdepth=2)
$`MySQL Server 5.1`
$`MySQL Server 5.1`$DataLocation
[1] "C:\\Documents and Settings\\All Users\\Application Data\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$FoundExistingDataDir 
[1] "0"

$`MySQL Server 5.1`$Location 
[1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\"

$`MySQL Server 5.1`$Version
[1] "5.1.54"

perplesso. Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato!

Soluzione

Il processo di base è descritto qui , ma ci sono diversi suggerimenti, Quindi mi limiterò a descrivere l'intera soluzione (si prega di cambiare la versione R e percorsi se necessario) :

Installa gli ultimi RTools da qui
installare i file di libreria di MySQL
creare o modificare C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site di file e aggiungere linea come MYSQL_HOME=C:/mysql (percorso dei file mysql)
copiare libmysql.lib da mysql / lib a mysql / lib / opt per le dipendenze si incontrano.
copiare libmysql.dll a C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin o directory windows/system32.
install.packages('RMySQL',type='source') corsa e attendere che la compilazione finirà.

Questo ha funzionato per me su Windows 7 a 64 bit, quindi non ci dovrebbero essere problemi con le versioni a 32 bit

qui (domanda simile).

Altri suggerimenti

Per prima cosa vorrei provare seguendo le indicazioni in questa pagina: http://biostat.mc .vanderbilt.edu / wiki / Main / RMySQL

Quindi, assicurarsi che in realtà hanno un client MySQL sul vostro computer, non solo il server stesso. Ho avuto un problema io stesso in cui ho dovuto usare un binario più vecchio per il cliente, ma si può scaricare dal sito web questi mysql.

ho creato un binario che potrebbe funzionare per le persone:

http://kenahoo.blogspot.com/ 2011/09 / rmysql-binary-per-windows-7.html

In pratica ho seguito tutte queste direzioni, compresi quelli a pagina Vanderbilt, ma per un motivo o per l'altro non sempre sembra funzionare. In ogni caso, spero che questo potrebbe essere utile per le persone che hanno le stesse versioni di roba che ho usato.

ho avuto questo stesso problema su Windows 7 con R 2.12.1 x64 e risolto facendo:

Cambiare la directory R nella mia variabile PATH a C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\x64 (e non solo ...\R-2.12.1\bin).
Copia ...\MySQL Server 5.5\lib\libmysql.dll a ...\MySQL Server 5.5\bin\.
R CMD INSTALL RMySQL_0.7-5.tar.gz in cmd.exe esecuzione (install.packages('RMySQL',type='source') in R ancora non funzionerebbe).

mi sono imbattuto in questa guida passo-passo per installare RMySQL sotto Windows 7 a 64 bit.

http://www.ahschulz.de/2013 / 07/23 / installazione-rmysql-under-windows /

Il software che ho utilizzato sono:

Windows 8 OS
R3.0.2 - 64bit
Rtools 3.1
MySQL Server Community Edition 5.6 - 64bit

A seguito della guida di cui sopra (con screenshot forniti), la mia installazione e caricamento delle opere pacchetto RMySQL.

Molte grazie a Arne Hendrik Schulz!

ha detto

Come Marek. Non v'è alcun finestre binario per questo pacchetto. Ho avuto problemi simili sul mio Mac quando ho provato ad installare RPostgreSQL (perché non c'è binario per Mac), alla fine ho dovuto compilarlo da solo e modificare diversi file.

Per la parte di MySQL (se non si sa molto su MySQL), si potrebbe desiderare di utilizzare WAMP che è certamente più del necessario, ma facile da installare e da avviare e arrestare.

Per qualche aiuto compilazione si potrebbe essere interessati a Rtools

HTH

A proposito: Che tipo di finestre non si esegue (SRY, se ho perso)

È tuttavia v'è un requisito aggiuntivo al momento (con la versione server di MySQL 5.5 e R2.12.1) seguire thehttp: istruzioni //biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL al momento come le posizioni dei libmysql.dll differisce a quanto previsto nel pacchetto.

vale a dire. per la compilazione a 64 bit. si aspetta che il libmysql.dll di essere in "$ {} MYSQL_HOME" / bin / libmysql.dll così semplicemente copiare la dll verso il dir / bin e sarà ora la compilazione.

per il compilling 32bit. il libmySQL.lib è previsto nel "$ {} MYSQL_HOME" / lib / opt / libmysql.lib di nuovo in movimento questo dovrebbe risolvere il problema.

In alternativa, se non si vuole o non si può spostare questi file. Quindi è possibile modificare i file di codice sorgente: Makevars.win Makevars.win32 Makevars.win64 opportunamente indicando /lib/libmysql.dll /lib/libmysql.lib

Aggiungi directory MySQL e RTools al PATH!

Ecco il mio PATH ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

stavo lavorando per ultimi 2 giorni su Installazione di R con il pacchetto RMySQL, finalmente la soluzione per questo, qui ci sono le istruzioni per installare il pacchetto RMySQL: -

scaricare software da LINK seguenti: *un. R2.13.2: Scarica R da http://cran.stat.sfu.ca/index.html

  b. RTools 214:  Download RTools from http://cran.cict.fr

  c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from 
  http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz

  d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com

  e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org*

SET le seguenti variabili d'ambiente

 * a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder
      e.g. MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ 

  b. R_HOME: <drive>/path to R installation
     e.g. R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\

  c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. *

Assicurarsi che i seguenti percorsi areincluded nella variabile PATH di Windows: \ Rtools \ 2.14 \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW64 \ bin

Crea cartella e copiare i file

a. OPT: Creare un'OPT cartella sotto C: \ Programmi \ MySQL \ MySQL Server 5.5 \ lib e copiare
MYSQLLIB.LIB il percorso precedente. Anche copiare libmysql.dll a \\ R \ R-2.14.0 \ bin \ (64 bit) o ??\\ R \ R-2.14.0 \ bin \ i386 \ (32 bit) e di C: \ Windows \ System32.

b. Renviron.site: creare o modificare un file \\ r \ r-2.14.0 \ etc \ Renviron.site e aggiungere un Linea: MYSQL_HOME =”C: / Program Files / MySQL / MySQL Server 5.5 /” NB: USO IN AVANTI SLASH ei doppi apici QUI

c. libmysql.dll: Copiare questo file in C: \ Programmi \ R \ R-2.13.2 \ bin \ i386 così come C: \ Program Files \ R \ R-2.13.2 \ bin

eseguire comandi

a. Install.Packages: Esegui R GUI facendo clic sull'icona R sul desktop o dal menu Start. genere INSTALL.PACKAGES ( “RMySQL”, type =”Sorgenti”). Questo scaricherà il software richiesto dai repository.

b. Prompt dei comandi: Copiare il file zip scaricato (in fase 4.a.) e incollarlo in R cartella di installazione. Vai al menu e aprire il prompt dei comandi iniziare. Vai alla cartella di installazione di R e digitare R CMD INSTALLARE RMySQL_0.8-0.tar.gz

  *COMMANDS:
  >library(RMySQL)
   >drv = dbDriver("MySQL")
   >con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root")
   >album = dbGetQuery(con,statement="select * from t_master")
   >album*

18 mesi più tardi, nuovo computer portatile, lo stesso problema. Tornando alla scena del crimine - scusate gennaio 2011 auto; siamo nel futuro, e questa installazione non è ancora affatto divertente.

Lezioni apprese:

RTools -Aggiornamento sono essenziale . Get loro .

-Sei vedere un errore lungo le linee di .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details? Questo sembra significare che c'è un problema con le variabili di ambiente di sistema.

In R, eseguire

Sys.getenv('MYSQL_HOME')

Se sputa indietro un percorso come

 [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6"

sei bravo. Ma se ti dà stringa vuota, è necessario impostare questo.

Queste sono tutte le direzioni Windows 7, ma il processo è molto simile a XP, se la memoria non serve.

1) Portare Proprietà del sistema> Avanzate> Variabili d'ambiente.

2) Nel riquadro in basso 'Variabili di sistema', fare clic su 'Nuovo'.

3) Nome della variabile è MYSQL_HOME e il valore è tutto ciò che il percorso è per la vostra installazione di MySQL - il mio era C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6

Le versioni più recenti di MySQL non sembrano creare una variabile d'ambiente su installa -. Che e la mancanza di binari per RMySQL spiegare perché questa domanda ha raccolto 8.000 colpi

-Ancora bloccato? Qui ci sono due ulteriori writeups di approfondimento: 1 , 2

In seguito ha lavorato per me in red hat linux

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz
sudo R CMD INSTALL  --configure-args='--with-mysql-inc=/usr/include/mysql' --configure-args='--with-mysql-lib=/usr/lib64/mysql' RMySQL_0.9-3.tar.gz

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