La mejor manera de hacer esto actualmente es usar solo enlaces simbólicos. Así es como lo hace desde la línea de comando considerando la estructura del directorio anterior:
$ mkdir my_project
$ cd my_project
$ ln -s /my_software/system_a/module_b/src_b .
$ ln -s /other_software/system_y/module_z/src_z .
$ mate .
¡Espero que esto ayude!