Las transformaciones de ACM y Media Foundation son dos cosas completamente diferentes. Puede tener un códec como ACM pero no MFT y al revés. Entonces, solo porque tenga un codificador ACM MP3, no significa que pueda codificar MP3 con Media Foundation.
Puede usar la aplicación NaudioWPFDemo que viene con la fuente de Naudio para explorar qué transformaciones de base de medios están instaladas en su computadora.
Y no, actualmente no hay soporte para crear un MediaFoundationReader desde una transmisión.