Преобразования ACM и медиа -фонда - две совершенно разные вещи. Вы можете иметь кодек в качестве ACM, но не MFT и наоборот. Так что только потому, что у вас есть энкодер MP3 ACM, не означает, что вы можете кодировать MP3 с Media Foundation.
Вы можете использовать приложение Naudiowpfdemo, которое поставляется с источником Naudio, чтобы изучить, какие преобразования медиа -фундамента установлены на вашем компьютере.
И нет, в настоящее время нет поддержки для создания MediaFoundationReader из потока.