¿Cómo muestro el código fuente de una función S4 en un paquete?
Pregunta
Utilicé los paquetes Topgo en R para analizar el enriquecimiento de genes con el siguiente código:
sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)
Quiero ver y cambiar el RunTest
función y el GenTable
función para cambiar el ResultTable
, pero no sé cómo mostrar la función. Con el getAnywhere("GenTable")
No obtengo el código duro que quiero.
getAnywhere("GenTable")
Se encontró un solo objeto que coincide con 'gentable'
Fue encontrado en los siguientes lugares
package:topGO namespace:topGO
con valor
function (object, ...) standardGeneric("GenTable") <environment: 0x16a30c10> attr(,"generic") [1] "GenTable" attr(,"generic")attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"group") list() attr(,"valueClass") character(0) attr(,"signature") [1] "object" attr(,"default") `NULL` attr(,"skeleton") function (object, ...) stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)", domain = NA)(object, ...) attr(,"class") [1] "standardGeneric" attr(,"class")attr(,"package") [1] "methods"
¿Cómo puedo hacer esto?
No hay solución correcta
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