Pregunta

Utilicé los paquetes Topgo en R para analizar el enriquecimiento de genes con el siguiente código:

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

Quiero ver y cambiar el RunTest función y el GenTable función para cambiar el ResultTable, pero no sé cómo mostrar la función. Con el getAnywhere("GenTable") No obtengo el código duro que quiero.

getAnywhere("GenTable")

Se encontró un solo objeto que coincide con 'gentable'

Fue encontrado en los siguientes lugares

package:topGO

namespace:topGO

con valor

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

¿Cómo puedo hacer esto?

No hay solución correcta

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