Question

J'ai utilisé les packages TOPGO en R pour analyser l'enrichissement du gène avec le code suivant:

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

Je veux voir et changer le RunTest fonction et le GenTable fonction pour changer le ResultTable, mais je ne sais pas comment montrer la fonction. Avec le getAnywhere("GenTable") Je n'obtiens pas le code dur que je veux.

getAnywhere("GenTable")

Un seul objet correspondant à «Gentable» a été trouvé

Il a été trouvé dans les endroits suivants

package:topGO

namespace:topGO

avec valeur

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

Comment puis-je faire ceci?

Pas de solution correcte

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