Comment afficher le code source d'une fonction S4 dans un package?
Question
J'ai utilisé les packages TOPGO en R pour analyser l'enrichissement du gène avec le code suivant:
sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)
Je veux voir et changer le RunTest
fonction et le GenTable
fonction pour changer le ResultTable
, mais je ne sais pas comment montrer la fonction. Avec le getAnywhere("GenTable")
Je n'obtiens pas le code dur que je veux.
getAnywhere("GenTable")
Un seul objet correspondant à «Gentable» a été trouvé
Il a été trouvé dans les endroits suivants
package:topGO namespace:topGO
avec valeur
function (object, ...) standardGeneric("GenTable") <environment: 0x16a30c10> attr(,"generic") [1] "GenTable" attr(,"generic")attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"group") list() attr(,"valueClass") character(0) attr(,"signature") [1] "object" attr(,"default") `NULL` attr(,"skeleton") function (object, ...) stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)", domain = NA)(object, ...) attr(,"class") [1] "standardGeneric" attr(,"class")attr(,"package") [1] "methods"
Comment puis-je faire ceci?
Pas de solution correcte
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