パッケージにS4関数のソースコードを表示するにはどうすればよいですか?

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/5937832

  •  30-10-2019
  •  | 
  •  

質問

RのパッケージTopgoを使用して、次のコードで遺伝子濃縮を分析しました。

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

見て変更したいです RunTest 関数と GenTable 変更する機能 ResultTable, 、しかし、私は関数を表示する方法がわかりません。とともに getAnywhere("GenTable") 私は私が望むハードコードを取得しません。

getAnywhere("GenTable")

「紳士」に一致する単一のオブジェクトが見つかりました

次の場所で見つかりました

package:topGO

namespace:topGO

価値で

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

これどうやってするの?

正しい解決策はありません

ライセンス: CC-BY-SA帰属
所属していません StackOverflow
scroll top