Comment puis-je tracer des valeurs NaN comme une couleur spéciale avec imshow en matplotlib?

Question

Je suis en train d'utiliser imshow dans matplotlib pour tracer des données comme heatmap, mais certaines valeurs sont NaN. Je voudrais les NaN à restituer sous forme d'une couleur spéciale ne trouve pas dans la palette de couleurs.

exemple:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
f = plt.figure()
ax = f.add_subplot(111)
a = np.arange(25).reshape((5,5)).astype(float)
a[3,:] = np.nan
ax.imshow(a, interpolation='nearest')
f.canvas.draw()

L'image résultante est de façon inattendue tous bleu (couleur la plus faible dans le jet palette de couleurs). Cependant, si je fais le tracé comme celui-ci:

ax.imshow(a, interpolation='nearest', vmin=0, vmax=24)

- alors je reçois quelque chose de mieux, mais les valeurs NaN sont attirés par la même couleur que Vmin ... Y at-il une manière gracieuse que je peux mettre NaN à tirer avec une couleur particulière (par exemple: gris ou transparent)?

Answer 1

Hmm, il semble que je peux utiliser un tableau masqué pour faire ceci:

masked_array = np.ma.array (a, mask=np.isnan(a))
cmap = matplotlib.cm.jet
cmap.set_bad('white',1.)
ax.imshow(masked_array, interpolation='nearest', cmap=cmap)

Cela devrait suffire, mais je suis toujours ouvert aux suggestions. :]

Answer 2

Avec les nouvelles versions de Matplotlib, il est pas nécessaire d'utiliser plus d'un tableau masqué.

Par exemple, nous allons générer un tableau où chaque valeur 7 est un NAN:

arr = np.arange(100, dtype=float).reshape(10, 10)
arr[~(arr % 7).astype(bool)] = np.nan

Nous pouvons modifier la palette de couleurs actuelle et tracer le tableau avec les lignes suivantes:

current_cmap = matplotlib.cm.get_cmap()
current_cmap.set_bad(color='red')
plt.imshow(arr)