La régression de Cox dans Matlab

Question

Je sais qu'il est fonction COXPHFIT Matlab faire la régression de Cox, mais j'ai du mal à comprendre comment l'appliquer.

1) Comment comparer deux groupes d'échantillons avec des données de survie en jours (survdays), la censure (cens) et une valeur de prédiction (x)? Les groupes définis par la variable groups logique. Les groupes ont un nombre différent d'échantillons.

2) Quel est le paramètre de référence dans coxphfit? Je l'ai lu les documents, mais comment dois-je choisir la ligne de base correctement?

Si vous connaissez un site avec de bons exemples détaillés sur les données de survie médicale. Je trouve que le Mathworks demo qui ne mentionne même pas coxphfit.

Est-ce que vous savez peut-être une autre fonction 3e parti pour la régression de Cox?

UPDATE :. La balise r ajoutée depuis la réponse que j'ai est R

Answer 1

Avec l'analyse de la survie, la fonction de risque est le taux de mortalité instantanée.

Dans ces analyses, on mesure généralement quel effet a quelque chose sur cette fonction de danger. Par exemple, vous pouvez demander «n'avalant augmenter le taux d'arsenic auquel les gens meurent? ». Un risque d'arrière-plan est le niveau auquel les gens mourir de toute façon (sans avaler l'arsenic, dans ce cas).

Si vous lisez les documents pour coxphfit attentivement, vous remarquerez que cette fonction tente de calculer le risque de base; ce n'est pas quelque chose que vous entrez.

  

Les valeurs de base X à laquelle   calculer le risque de base.

EDIT: la fonction coxphfit de Matlab ne fonctionne évidemment pas avec des données groupées. Si vous êtes heureux de passer à R , le anaylsis est un one-liner.

library(survival)

#Create some data
n <- 20; 
dfr <- data.frame(
  survdays = runif(n, 5, 15),
  cens     = runif(n) < .3,
  x        = rlnorm(n),
  groups   = rep(c("first", "second"), each = n / 2)
)

#The Cox ph analysis
summary(coxph(Surv(survdays, cens) ~ x / groups, dfr))

AUTRE EDIT: Ce paramètre baseline au coxphfit de Matlab semble être une constante de normalisation. La fonction de coxph R ne dispose pas d'un paramètre équivalent. J'ai regardé dans statistique Informatique par Michael Crawley et il semble suggérer que le risque de base ISN « t important, car il annule lorsque vous calculez la probabilité de votre mort individuelle. Voir le chapitre 33, et p615-616 en particulier. Ma connaissance de la façon dont fonctionne le modèle est pas assez profond pour expliquer la différence dans les mises en œuvre et R MATLAB®; peut-être que vous pourriez demander à la Stack Échange Statistiques Analyse du site.