regresión de Cox en MATLAB

Question

Sé que es función de COXPHFIT en MATLAB para hacer la regresión de Cox, pero tengo problemas para entender cómo aplicarlo.

1) ¿Cómo comparar dos grupos de muestras con los datos de supervivencia en días (survdays), la censura (cens) y un valor predictivo (x)? Los grupos definidos por variable lógica groups. Los grupos tienen diferente número de muestras.

2) ¿Cuál es el parámetro de la línea de base en coxphfit? Yo ya había leído la documentación, pero ¿cómo debería elegir correctamente la línea de base?

Sería muy bueno si usted sabe un sitio con buenos ejemplos detallada sobre los datos de supervivencia médicos. He encontrado sólo el Mathworks demostración de que ni siquiera menciona coxphfit.

¿Conoce puede ser otra función de tiempo para la tercera regresión de Cox?

Actualizar . La etiqueta r añadido ya que la respuesta que tengo es para R

Answer 1

Con el análisis de supervivencia, la función de riesgo es la tasa de muerte instantánea.

En estos análisis, que son típicamente midiendo el efecto que tiene algo en esta función de riesgo. Por ejemplo, usted puede pedir "no tragar el arsénico aumentar la velocidad a la que las personas mueren?". Un peligro de fondo es el nivel en el cual las personas morirían de todos modos (sin tragar el arsénico, en este caso).

Si usted lee la documentación para coxphfit con cuidado, usted notará que que trata función para calcular el riesgo de referencia; no es algo que se introduce.

  

basales Los valores de X en la que a   calcular el riesgo de referencia.

EDIT: coxphfit función de MATLAB, obviamente, no funciona con datos agrupados. Si usted está dispuesto a cambiar a R , entonces el anaylsis es una sola línea.

library(survival)

#Create some data
n <- 20; 
dfr <- data.frame(
  survdays = runif(n, 5, 15),
  cens     = runif(n) < .3,
  x        = rlnorm(n),
  groups   = rep(c("first", "second"), each = n / 2)
)

#The Cox ph analysis
summary(coxph(Surv(survdays, cens) ~ x / groups, dfr))

otra edición: Que parámetro baseline a coxphfit de MATLAB que parece ser una constante de normalización. coxph función de R no tiene un parámetro equivalente. Miré en Estadística Informática por Michael Crawley y parece sugerir que el ISN de riesgo basal 't importante, ya que anula cuando se calcula la probabilidad de que su muerte individual. Véase el capítulo 33, y en particular, p615-616. Mi conocimiento de cómo funciona el modelo no es lo suficientemente profunda para explicar la discrepancia en las implementaciones de MATLAB y R; tal vez usted podría pedir en el sitio de la Pila de Cambio Análisis Estadísticas .