Regressione di Cox in MATLAB

Question

So che c'è COXPHFIT funzione MATLAB a fare la regressione di Cox, ma non ho problemi a capire come applicarla.

1) Come confrontare due gruppi di campioni con dati di sopravvivenza in giorni (survdays), censurando (cens) ed un valore predittivo (x)? I gruppi definiti dalla variabile logica groups. I gruppi hanno diverso numero di campioni.

2) Qual è il parametro di riferimento in coxphfit? Ho letto la documentazione, ma come dovrei scegliere la linea di base correttamente?

Sarebbe bello se si conosce un sito con buoni dettagliati esempi su dati di sopravvivenza medici. Ho trovato solo il Mathworks demo che non ha nemmeno menzionato coxphfit.

Sai può essere un altro funzione di 3a parte per la regressione di Cox?

Aggiorna :. Il tag r aggiunto dato la risposta che ho è per R

Answer 1

Con analisi di sopravvivenza, la funzione di rischio è il tasso di morte istantanea.

In queste analisi, si sono in genere misurando l'effetto che ha qualcosa in questa funzione di rischio. Per esempio, si può chiedere "non ingoiare l'arsenico aumentare il tasso a cui la gente muore?". Un pericolo sfondo è il livello al quale le persone morirebbero comunque (senza deglutire arsenico, in questo caso).

Se avete letto con attenzione la documentazione per coxphfit, si noterà che che cerca funzione per calcolare il rischio di base; non è qualcosa che si entra.

  

basale I valori X in corrispondenza del quale   calcolare il rischio di base.

EDIT: la funzione coxphfit di MATLAB non, ovviamente, funziona con dati raggruppati. Se siete felici di passare a R , allora l'anaylsis è un one-liner.

library(survival)

#Create some data
n <- 20; 
dfr <- data.frame(
  survdays = runif(n, 5, 15),
  cens     = runif(n) < .3,
  x        = rlnorm(n),
  groups   = rep(c("first", "second"), each = n / 2)
)

#The Cox ph analysis
summary(coxph(Surv(survdays, cens) ~ x / groups, dfr))

ALTRO EDIT: Questo parametro baseline a coxphfit di MATLAB sembra essere una costante di normalizzazione. la funzione coxph di R non ha un parametro equivalente. Ho guardato in statistica Computing da Michael Crawley e sembra suggerire che l'isn rischio di base 't importante, dal momento che annulla quando si calcola la probabilità che il tuo morire individuale. Vedere il capitolo 33, e p615-616 in particolare. La mia conoscenza di come funziona il modello non è abbastanza profondo per spiegare la discrepanza nei MATLAB e R implementazioni; forse si potrebbe chiedere sul sito Stack Scambio Analisi Statistiche .