Come sottolineato nei commenti, probabilmente lo vuoi.
#!/bin/bash
from_directory="first_directory"
to_directory="second_directory"
rsync --archive $from_directory $to_directory; ls -R $to_directory/$from_directory
E se $from_directory
e $to_directory
sono entrambi percorsi assoluti, $to_directory/$from_directory
non ha senso. Potrebbe anche farlo ls -R $to_directory
.