Come faccio a mostrare il codice sorgente di una funzione S4 in un pacchetto?
Domanda
Ho usato i pacchetti Topgo in R per analizzare l'arricchimento genico con il seguente codice:
sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)
Voglio vedere e cambiare il RunTest
funzione e GenTable
funzione per cambiare il file ResultTable
, ma non so come mostrare la funzione. Con il getAnywhere("GenTable")
Non ottengo il codice difficile che voglio.
getAnywhere("GenTable")
È stato trovato un singolo oggetto che corrisponde "Gentable"
È stato trovato nei seguenti luoghi
package:topGO namespace:topGO
con valore
function (object, ...) standardGeneric("GenTable") <environment: 0x16a30c10> attr(,"generic") [1] "GenTable" attr(,"generic")attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"group") list() attr(,"valueClass") character(0) attr(,"signature") [1] "object" attr(,"default") `NULL` attr(,"skeleton") function (object, ...) stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)", domain = NA)(object, ...) attr(,"class") [1] "standardGeneric" attr(,"class")attr(,"package") [1] "methods"
Come posso fare questo?
Nessuna soluzione corretta
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