Come faccio a mostrare il codice sorgente di una funzione S4 in un pacchetto?

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/5937832

  •  30-10-2019
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Domanda

Ho usato i pacchetti Topgo in R per analizzare l'arricchimento genico con il seguente codice:

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

Voglio vedere e cambiare il RunTest funzione e GenTable funzione per cambiare il file ResultTable, ma non so come mostrare la funzione. Con il getAnywhere("GenTable") Non ottengo il codice difficile che voglio.

getAnywhere("GenTable")

È stato trovato un singolo oggetto che corrisponde "Gentable"

È stato trovato nei seguenti luoghi

package:topGO

namespace:topGO

con valore

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

Come posso fare questo?

Nessuna soluzione corretta

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