MATLABのCOX回帰
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28-09-2019 - |
質問
あることを知っています coxphfit Cox回帰を行うためにMatlabで機能しますが、適用方法を理解するのに問題があります。
1)サンプルの2つのグループを日数の生存データと比較する方法(survdays
)、検閲(cens
)およびいくつかの予測因子値(x
)?によって定義されたグループ groups
論理変数。グループのサンプル数は異なります。
2)coxphfitのベースラインパラメーターは何ですか?ドキュメントを読みましたが、ベースラインを適切に選択するにはどうすればよいですか?
医学的生存データに関する詳細な例があるサイトを知っているなら、それは素晴らしいことです。私はそれだけを見つけました Mathworksデモ それはcoxphfitについても言及していません。
Cox Regressionのもう1つのサードパーティの機能であることをご存知ですか?
アップデート: : r
私が持っている答えから追加されたタグはためです r.
解決
生存分析では、ハザード関数は瞬間的な死亡率です。
これらの分析では、通常、このハザード関数に何かがどのような影響を与えるかを測定しています。たとえば、「ヒ素を飲み込むのは、人々が死ぬ速度を上げるのですか?」と尋ねることができます。背景の危険とは、とにかく人々が死ぬレベルです(この場合、ヒ素を飲み込むことなく)。
ドキュメントを読んだ場合 coxphfit
慎重に、その関数がベースラインの危険を計算しようとしていることに気付くでしょう。それはあなたが入るものではありません。
ベースラインX値をベースラインハザードを計算する値。
編集:Matlab's coxphfit
関数は明らかにグループ化されたデータでは機能しません。あなたが喜んで切り替えてください r, 、その後、Anaylsisはワンライナーです。
library(survival)
#Create some data
n <- 20;
dfr <- data.frame(
survdays = runif(n, 5, 15),
cens = runif(n) < .3,
x = rlnorm(n),
groups = rep(c("first", "second"), each = n / 2)
)
#The Cox ph analysis
summary(coxph(Surv(survdays, cens) ~ x / groups, dfr))
別の編集:それ baseline
Matlabのパラメーター coxphfit
正規化定数のようです。 r's coxph
関数には同等のパラメーターがありません。私は調べました 統計コンピューティング Michael Crawleyによると、ベースラインのハザードは重要ではないことを示唆しているようです。これは、個人が死ぬ可能性を計算するとキャンセルするためです。特に第33章およびP615-616を参照してください。モデルがどのように機能するかについての私の知識は、MATLABおよびRの実装の矛盾を説明するのに十分な深さではありません。おそらくあなたはで尋ねることができます スタック交換統計分析 サイト。