As transformações da ACM e Media Foundation são duas coisas completamente diferentes. Você pode ter um codec como ACM, mas não a MFT e o contrário. Então, só porque você tem um codificador MP3 ACM, não significa que você pode codificar MP3 com a Media Foundation.
Você pode usar o aplicativo NAUDIOWPFDEMO que acompanha a fonte Naudio para explorar quais transformações da Media Foundation estão instaladas no seu computador.
E não, atualmente não há suporte para a criação de um MediaFoundationReader a partir de um fluxo.