Как указывалось в комментариях, вы, вероятно, хотите этого.
#!/bin/bash
from_directory="first_directory"
to_directory="second_directory"
rsync --archive $from_directory $to_directory; ls -R $to_directory/$from_directory
И если $from_directory
а также $to_directory
оба абсолютные пути, $to_directory/$from_directory
не имеет смысла. С таким же успехом просто сделать ls -R $to_directory
.